Желая разрешить проблемы, связанные с богатством и влиянием церкви, а также с взаимоотношениями церкви и государства, Екатерина выбрала курс своего великого предшественника. Петра I, правившего за полвека до нее, материальное благополучие своего народа беспокоило не меньше, чем его духовное спасение. Отринув заботу церкви о загробном мире, он хотел служить целям мира этого и обеспечить честных и надежных граждан своего государства образованием. Петр ограничил власть Православной церкви в России, упразднив высший религиозный чин патриарха, который обладал полномочиями, почти равными царским. Вместо одной властной фигуры Петр организовал Священный Синод из одиннадцати или двенадцати членов, которые не обязательно должны были быть священниками и которые управляли бы мирскими делами и финансами церкви. В 1722 году он назначил гражданского прокурора Священного Синода, в обязанности которого входило наблюдение за управлением церковью, а также осуществление судопроизводства над духовенством. Таким образом, царь Петр подчинил церковь государству, и Екатерина собиралась последовать его примеру. Дочь Петра Елизавета частично дала обратный ход реформам отца. Императрица, чрезмерно любившая жизнь и вместе с тем глубоко религиозная, искала утешения от излишеств своей личной жизни, раздавая богатства и привилегии церкви. За время ее правления церковь вернула себе право управлять своими землями и крепостными. Когда после Елизаветы царем стал Петр III, маятник качнулся в обратную сторону. Взойдя на трон, Екатерина отменила указы своего покойного мужа, вернув церкви ее владения и возможность распоряжаться ими. Через несколько месяцев она снова сменила курс.

Развитие этой политической и религиозной драмы, поначалу протекавшей довольно нерешительно, в конце концов, привело к серьезному противостоянию и оппозиционным настроениям. В июле 1762 года Екатерина приказала Сенату изучить и составить таблицы, в которых перечислялись бы владения Православной церкви, а также порекомендовать правительству следовать новым курсом. Сначала Сенат выдвинул компромиссное предложение: угодья будут возвращены церкви, но налоги с церковных крестьян нужно было увеличить. Это создало раскол среди церковной иерархии. Большинство под предводительством архиепископа Дмитрия Новгородского приняли идею отдать ношу управления их сельскохозяйственными угодьями и стать оплачиваемыми слугами государства, как армия и чиновничество. Чтобы изучить эту проблему и выяснить все детали, Дмитрий предложил создать объединенную комиссию, в которую входили бы и священники, и мирские представители. Екатерина согласилась, и 12 августа 1762 года подписала документ, подтверждающий, что она временно аннулировала указы Петра III и возвращала церковные земли, которые теперь должны управляться самой церковью. В то же самое время она, по рекомендации Дмитрия, создала комиссию из церковных и светских представителей (три священника и пять мирян), чтобы изучить это дело.