Решение Екатерины похоронить план по созданию имперского совета стало для Панина началом политического спада, но в августе 1763 года императрица улучшила его положение. Она назначила Панина старшим членом Коллегии иностранных дел. Бестужев, уставший и разбитый, предпочел уйти в отставку. Следующие восемнадцать лет – до 1781 года – Никита Панина оставался старшим министром иностранных дел России.

Стараясь преодолеть финансовый кризис, удовлетворить потребности армии, переориентировать международную политику России и сделать управление страной более эффективным, Екатерина также попыталась уладить все дела с Православной церковью. Она приняла православие и соблюдала все обычаи этой религии, что являлось разительным контрастом по сравнению с ее мужем, Петром. Во второй месяц своего краткого правления Петр издал указ о секуляризации церковной собственности и заявил, что Русская православная церковь должна преобразиться в религию, схожую с северо-германским протестантизмом. Поскольку высшее церковное духовенство верило, что Екатерина придерживается противоположных взглядов и отменит все решения мужа, оно с энтузиазмом поддержало ее приход к власти. После этого церковные иерархи поспешили получить награду, требуя навсегда вернуть церковную собственность. После своего восхождения на престол Екатерина отплатила свой политический долг перед церковью, отменив указы Петра. Однако в душе она колебалась. Несмотря на то что публично Екатерина демонстрировала свою религиозность, она считала богатство церкви чрезмерным и недопустимым и отказывалась смириться с тем, что считала разбазариванием национального богатства. Как и Петр Великий, она верила, что эти богатства нужно использовать во благо государства. Екатерина хотела, чтобы церковь под руководством государства играла бы активную роль в обеспечении социального благосостояния и образования. Проблема огромного разрыва между бедным населением, нуждами государства и богатством церкви, владеющей обширными землями и крепостными, по-прежнему оставалась неразрешенной.

Ко времени восхождения Екатерины на престол население России состояло из десяти миллионов крепостных, большая часть которых была крестьянами, составляющими подавляющее большинство сельскохозяйственных рабочих на территории преимущественно аграрной страны. С самого начала своего правления Екатерина хотела решить фундаментальную проблему крепостничества, но этот институт слишком глубоко врос в экономическую и социальную ткань русской жизни, и это не позволило ей заняться им в первые же месяцы правления. И хотя ей пришлось на время отложить кардинальное решение данного вопроса, она не могла оставить неразрешенным вопрос об обширных церковных угодьях, а также о миллионе крепостных, которые вместе со своими семьями возделывали эти земли. Она отменила указ Петра III о секуляризации церковной собственности, но этот поступок, временно восстанавливающий права церкви на все свои земли и крепостных, не стал решением, которое ее устроило. Цели Екатерины были прямо противоположными.