Екатерине приходилось осторожно обращаться с церковной иерархией. Она всегда проявляла разумную гибкость в делах, касавшихся религиозных догм и политики. Воспитанная в атмосфере строгого лютеранства, Екатерина с детства испытывала определенный скептицизм по отношению к религии, что вызывало тревогу у ее глубоко верующего отца. Когда она в четырнадцать лет приехала в Россию, от нее потребовали сменить веру на православие. На публике она скрупулезно исполняла все религиозные обряды, присутствовала на церковных службах, соблюдала религиозные праздники и совершала паломничества. Во время своего правления она не позволяла себе недооценивать важность религии. Екатерина знала, что верующие возносили свои молитвы за государя и его престол и что мнение священников и святость месс – это та сила, с которой нужно считаться. Екатерина понимала, что правитель, независимо от его личных взглядов на религию, должен исполнять свой долг перед народом. Когда Вольтера спросили, как он, отрицающий Бога, может принимать святое причастие, он ответил, что «завтракает в соответствии с обычаями своей страны». Наблюдая разрушительный эффект пренебрежительного публичного отрицания Православной церкви ее мужем, Екатерина решила последовать примеру Вольтера.

Ее главные советники были не согласны с поведением императрицы в отношении церкви. Бестужев считал, что церковные иерархи и дальше должны самостоятельно контролировать дела церкви. Панин же, в большей степени разделявший идеи Просвещения, предпочитал государственное управление церковью и ее владениями. В действительности манифест, изданный в августе 1762 года, в котором содержался намек на желание освободить церковь от бремени мирских дел, стал зловещим предзнаменованием будущему церкви. Когда комиссия начала работу, страхи перед грядущей секуляризацией быстро распространились среди духовенства, но большинство священников не знали, на что они имеют право и что им предпринять. И лишь немногие оказались готовы бороться.

Одним из ярких представителей группы, отрицавшей подчиненное положение церкви по отношению к государству, был Арсений Мацеевич, митрополит Ростова, который был яростным противником вмешательства государства в дела церкви, в особенности секуляризации церковной собственности. Этот шестидесятилетний священник – по рождению – украинский дворянин, член Святейшего Синода, – управлял богатейшей епархией (которая владела 16 340 крепостных), он твердо верил, что церкви были дарованы все ее угодья не для мирских, а для духовных целей. Смелый, увлеченный делом своей жизни и обладающий глубокими знаниями в теологии, он готов был использовать свое перо и свой голос, чтобы противостоять императрице. Мацеевич надеялся, что личная встреча с новой правительницей позволит ему убедить ее в своей правоте.