Главной задачей для армии Анненкова была ликвидация Черкасской обороны — сопротивления удерживаемых красными отрядами сел Лепсинского (ныне Саркандский район)) и Копальского уездов. В занятых населенных пунктах Анненков действовал и убеждением, и принуждением. 10 января 1919 г. он издал приказ населению занятого Урджарского района, в котором говорилось: «Вверенный мне отряд прибыл в Семиречье для борьбы с большевиками, для водворения правопорядка, тишины и спокойствия. В отношении населения мы будем держаться совершенно одинаково беспристрастно, будь то казак, крестьянин или киргиз. На старое мною поставлен крест, так как многие из нас были, благодаря своей темноте, в заблуждении. Наказаны будут только те, кто сознательно вел вас к этой разрухе. Но в будущем, предупреждаю, будет жестоко наказан всякий, кто вновь будет замечен в преступлениях против существующего государственного порядка, насилиях, грабежах и других преступлениях.» В занятых войсками Анненкова районах запрещалась продажа спиртных напитков. Виновные в их изготовлении и продаже предавались военно-полевому суду. Анненков распорядился арестовывать на 14 суток пьяных и налагать на них штраф в размере одной тысячи рублей. Своеобразно относился Анненков и к военнопленным: многих он привлекал для службы в своих войсках. Как писал Анненков, красноармейцы принимались в его части, дабы искупить свою вину кровью. Более того, в личном конвое атамана, состоявшем из 30 казаков, половину составляли бывшие пленные красноармейцы, отличившиеся особым мужеством в боях^{29}.

К июню 1919 г. белые войска смогли организовать наступление, добившись к августу временных успехов. Черкасская оборона пала. Три роты красноармейцев во главе с командирами сдались в плен, часть их затем приняла участие в боях в составе анненковской дивизии.

Однако перелом в пользу Красной армии, происшедший летом 1919 г. по всему Восточному фронту, сказался и на положении дел в Семиречье. Главная опора белых — город Семипалатинск — 10 декабря был занят частями Красной армии. Командование белых войск пыталось организовать сопротивление разрозненных частей, но изменить ситуацию в свою пользу уже не могло. 29 февраля 1920 г. командование Красной армии предъявило Б. В. Анненкову ультиматум с требованием сложить оружие, однако он отказался.

В начале 1920 г. в армию Анненкова влились остатки Оренбургской армии генерала А. И. Дутова. Из 20 тысяч бойцов Дутова через голодную степь в Семиречье прошли 11–12 тысяч. При этом 90 % из них были больны тифом, что ослабило силы белогвардейцев. К тому же, согласно ряду источников, анненковцы недоброжелательно относились к оренбуржцам, грабили их.