В начале января 1870 г. он снова появился в Женеве и возобновил свою старую игру. Бакунин с огненным рвением доказывал, что убийство Иванова политическое, а не уголовное преступление и поэтому Швейцария не имеет права выдать русскому правительству Нечаева. Нечаев же пока так ловко скрывался, что полиции не удавалось изловить его. Но он сам сыграл злую штуку со своим защитником. Он убедил Бакунина бросить перевод «Капитала» и посвятить все свои силы революционной пропаганде, обещав, что он сам покончит с издателем относительно выплаченного задатка. Бакунин, который находился тогда в очень стесненных обстоятельствах, мог понять это обещание только в том смысле, что Нечаев или его таинственный «комитет» вернут издателю 300 рублей задатка. Нечаев же послал «официальное постановление комитета» на бумаге с изображением на заголовке черепа вместе с топором, кинжалом и револьвером. Бумага эта была послана не самому издателю, а Любавину, который являлся посредником между издателем и Бакуниным. При этом Любавину запрещалось в письме под страхом смерти требовать от Бакунина возвращения задатка. Бакунин узнал обо всем этом только из оскорбительного письма Любавина. Он поспешил признать свой долг новой распиской и обязался вернуть задаток, как только сможет; сам же он порвал с Нечаевым, узнав к тому времени и о ряде других его проделок, в том числе о плане напасть на симплонскую почту, чтобы ограбить ее.

Непостижимая и непростительная для политического деятеля легковерность, проявившаяся в этом авантюристском эпизоде его жизни, имела для Бакунина очень неприятные последствия. Маркс узнал об этой истории уже в июле 1870 г., и притом из вполне надежного источника — от Лопатина, который во время своего майского пребывания в Женеве тщетно убеждал Бакунина, что в России не существует никакого «комитета», что Нечаев никогда не сидел в Петропавловской крепости, что Иванова задушили совершенно бесцельно и что он, Лопатин, точнее, чем кто-либо, это знает. Это еще более укрепило Маркса в его неблагоприятном мнении о Бакунине. Русское правительство использовало благоприятные обстоятельства, узнав о проделках Нечаева путем многочисленных арестов после убийства Иванова. Чтобы опозорить русских революционеров перед всем миром, русское правительство в первый раз передало дело на публичное судебное разбирательство перед присяжными; в июле 1871 г. в Петербурге началось разбирательство так называемого нечаевского процесса, по которому было привлечено более восьмидесяти человек, преимущественно студентов; большинство из них были присуждены к тяжким наказаниям тюрьмою и даже к каторжным работам в сибирских рудниках.