Белый дом и Госдепартамент не приняли по материалам перехвата никаких решений. Гувер требовал от агентов копать дальше. В конце 1945 года ФБР перехватило разговор в доме Фрэнка Оппенгеймера на окраине Беркли. На встрече Нового года 1 января 1946 года Бюро подслушало разговор Оппи, приехавшего к брату в гости, с Пински и Эделсоном. Партийные работники пытались убедить ученого выступить с речью об атомной бомбе на митинге, который они готовили. Оппи вежливо отказался (зато это согласился сделать Фрэнк). Эделсон и Пински не удивились. Они уже успели поговорить об ученом с другим партийным функционером Барни Янгом, который сказал, что партия пыталась связаться с Оппенгеймером, но тот «ничего не сделал для поддержания контакта». Старый друг Оппи Стив Нельсон, возглавлявший оклендскую парторганизацию, несколько раз пытался возобновить дружбу — Оппи так и не ответил.

Стив Нельсон и Оппенгеймер больше никогда не встречались. Возможно, другие партработники считали, что Оппи как-то еще связан с партией. Но даже Хокон Шевалье знал, что Оппенгеймер никогда не подчинялся партийной дисциплине. Как раньше, так и теперь Роберт шел «своим личный курсом». Поэтому всем, кроме самого Оппенгеймера, было трудно понять, в чем на самом деле заключалась его связь с Компартией и что она для него значила. ФБР так и не смогло доказать принадлежность Оппенгеймера к партии. Тем не менее целых восемь лет Гувер и его агенты каждый год выдавали по 1000 страниц пояснительных записок, докладов о наблюдении и расшифровок подслушанных разговоров, связанных с Оппенгеймером, — все для того, чтобы дискредитировать своевольного мыслителя. 8 мая 1946 года было начато прослушивание его домашнего телефона в Игл-Хилл.

Гувер без каких-либо угрызений совести управлял расследованием лично. В начале марта 1946 года для того, чтобы привлечь бывшую секретаршу Оппи в Лос-Аламосе Энн Уилсон в осведомители, ФБР воспользовалось услугами католического священника. Отец Джон О’Брайен, пастор из Балтимора, заявил, что знает Уилсон как «католичку», и предположил, что сможет убедить ее сотрудничать с ФБР «в целях разработки информации о контактах и действиях Оппенгеймера, особенно относительно возможного разглашения секретов ядерной бомбы». Гувер дал добро на попытку, нацарапав на заявке: «Хорошо, но только если святой отец не будет болтать об этом деле».

После этого отец О’Брайен запросил компрометирующую информацию на Оппенгеймера, которая позволила бы «поговорить по душам» с девушкой. Куратор из ФБР сказал, что такая тактика ненадежна — по крайней мере, пока они не прощупают Уилсон. Пастор встретился с Уилсон вечером 26 марта 1946 года. На следующее утро он позвонил в ФБР и отрапортовал, что «девушку не удалось склонить к сотрудничеству ввиду ее религиозных убеждений и патриотизма…» Верная, смелая Уилсон сказала пастору, что «ни капли не сомневается в чистоте помыслов Оппенгеймера». Хотя Уилсон была знакома со священником — высоким, светловолосым, красивым мужчиной, ее бывшим школьным учителем и близким другом семьи, девушка отказалась передавать какую-либо информацию. Она «высказала возмущение тем, что органы безопасности» следят за Оппенгеймером. Уилсон сообщила, что Оппенгеймер раньше говорил ей о наблюдении за ним, и ее это возмутило.