Весной 1947 года Оппенгеймер воспользовался своим влиянием как председатель комитета для ужесточения американской позиции на переговорах. В марте он вылетел в Вашингтон, где Ачесон познакомил его с доктриной Трумэна, о которой вскоре должны были объявить всему миру. «Он хотел, чтобы я четко уяснил, — свидетельствовал впоследствии Оппенгеймер, — мы вступаем во враждебные отношения с Советами и должны это учитывать во всех наших действиях во время атомных переговоров». Оппенгеймер исполнил указание практически без промедления и быстро встретился с Фредериком Осборном, занявшим место Бернарда Баруха на переговорах об атомной энергии в ООН. К удивлению Осборна, Оппенгеймер предложил, чтобы США покинули переговоры. Советы, считал Роберт, никогда не поддержат реально работающий план.

Отношение Оппенгеймера к Советскому Союзу укладывалось в общую канву нараставшей холодной войны. По собственным словам Роберта, его отход с позиций восторженного левацкого интернационализма начался еще в годы войны. Его также встревожила речь Сталина 9 февраля 1946 года. Вслед за большинством обозревателей на Западе Оппи охарактеризовал ее как отражение советских страхов перед «окружением и потребности в бдительности и перевооружении». Вдобавок он ощущал досаду из-за вскрывшихся случаев советского шпионажа в годы войны. Согласно показаниям осведомителя ФБР под кодовым именем Т-1, административного сотрудника кампуса в Беркли, Оппенгеймер вернулся с инструктажа в Вашингтоне «ужасно подавленным». «Т-1 сообщил, что некий неназванный государственный служащий познакомил Оппенгеймера с “реалиями” коммунистического заговора, в результате чего Оппенгеймер полностью утратил иллюзии насчет коммунизма».

Инструктаж проводился по вопросу о шпионском скандале в Канаде, разразившемся после допроса советского перебежчика, шифровальщика Игоря Гузенко, и ареста Алана Нанна Мэя, английского физика, работавшего в Монреале и шпионившего на Советы. Оппенгеймера не на шутку потрясли доказательства «предательства» со стороны коллеги-ученого. В том же году, когда ФБР вызвало его на допрос по делу Шевалье, ученый «высказал мнение, что коммунистов во многих странах за пределами Советского Союза часто вводили в такое положение, в котором они сознательно или неосознанно действовали в роли шпионов Советского Союза». Он не мог «совместить вероломство [Советов] в международных отношениях с высокими целями и демократическими устремлениями, приписываемыми Советам местными [американскими] коммунистами».

Крах плана Баруха только усугубил положение. Мечту о международном контроле пришлось отложить до изменения геополитической ситуации. Оппенгеймер понял, что идеологические разногласия между США и Советским Союзом будут преодолены не скоро. Выступая перед дипломатами и военными в сентябре 1947 года, он сказал: «Ясно, что даже для Соединенных Штатов предложения такого рода [международный контроль] подразумевают вполне реальное самоотречение. Среди прочего они подразумевают более или менее окончательный отказ от всякой надежды на то, что США смогут жить в относительной изоляции от остального мира».