Павшие духом после морального и интеллектуального фиаско с «планом Баруха», Оппенгеймер и Лилиенталь тем не менее продолжали совместную работу. 23 октября ФБР подслушало их обсуждение о том, кого выдвинуть в Комиссию по атомной энергии (КАЭ), учрежденную 1 августа Законом Макмахона. Оппенгеймер сказал новому другу: «Я обязан сделать признание, которое считал неуместным до сегодняшнего вечера: в очень зловещем мире с тех пор, как я встретил вас, я не поддавался печали. Я не могу выразить, Дэйв, насколько я восхищен тем, что вы делаете и насколько ваши действия изменили мой взгляд на весь мир».

Лилиенталь поблагодарил и заметил: «Я думаю, мы еще поборемся за эту чертовину».

Осенью того же года президент Трумэн назначил Лилиенталя председателем Комиссии по атомной энергии, и тот, выполняя требование конгресса, учредил консультативный комитет по общим вопросам, оказывающий поддержку членам комиссии. Несмотря на неприязнь Трумэна к Оппенгеймеру, «отца атомной бомбы» вряд ли можно было отстранить от работы в комитете. Поэтому, прислушавшись к рекомендациям множества советников, Трумэн назначил членами комитета Оппенгеймера, И. А. Раби, Гленна Сиборга, Энрико Ферми, Джеймса Конанта, Сирила С. Смита, Хартли Роу (консультанта из Лос-Аламоса), Худа Уортингтона (служащего компании «Дюпон») и недавно назначенного ректором Калтеха Ли Дюбриджа. Трумэн позволил этой группе самим выбрать председателя комитета. Когда газеты ошибочно сообщили об избрании на этот пост Конанта, Китти обиженно спросила Роберта, почему выбрали не его. Роберт заверил жену, что это «не главное». В действительности же Дюбридж и Раби потихоньку склоняли других к выбору председателем Оппенгеймера. Когда комитет собрался на свое первое официальное заседание в начале января 1947 года, все было уже решено. Оппенгеймера задержала снежная буря, и он лишь с опозданием узнал, что коллеги единогласно избрали его председателем комитета.

К этому времени Оппи растерял иллюзии относительно и американской, и советской позиции. Обе страны, похоже, ничего не собирались предпринимать для предотвращения гонки ядерных вооружений. Под давлением нарастающего отчаяния и новых обязанностей он начал менять свои взгляды. В январе в Беркли приехал Ханс Бете, и Оппи в ходе нескольких пространных бесед с ним признался, что «потерял всякую надежду на то, что русские согласятся с планом». Позиция СССР оставалась негибкой, их предложение о запрете бомбы, похоже, было нацелено на то, чтобы «немедленно лишить нас единственного оружия, способного остановить продвижение русских в Западную Европу». Бете высказал такое же мнение.