Конант передал Оппенгеймеру предупреждение Ачесона о том, что публичное обсуждение «противоречило бы национальным интересам». Оппи в который раз проявил себя как лояльный гражданин. Позднее в своих показаниях он сообщил, что счел заявление об увольнении по собственному желанию и «продолжение дебатов по уже решенному вопросу» безответственным шагом. Конант в письме другу упоминал, что они с Оппенгеймером «не уволились (по крайней мере, я не уволился), потому что не хотели выглядеть плохими солдатами…». Впоследствии он пожалел о своем решении и о том, что они оба не покинули свои посты.

Пойди Оппенгеймер на такой шаг, его жизнь сложилась бы иначе, лучше. Но он, как и Конант, в который раз подчинился генеральной линии. В то же время Роберт не мог скрыть своей неприязни к тем, кто продавил это решение. Вечером, когда Трумэн выступил с заявлением, Оппенгеймер был вынужден присутствовать в отеле «Шорхэм» на дне рождения Стросса, которому исполнилось пятьдесят четыре года. Репортер заметил, что Оппенгеймер стоял один в углу, и заметил: «У вас не очень праздничный вид». Оппенгеймер пробормотал в ответ: «Пир во время чумы». Когда Стросс попытался представить знаменитому физику своего сына и его жену, Оппенгеймер небрежно подал руку через плечо и, не говоря ни слова, отвернулся. Этот жест, естественно, привел Стросса в ярость.

Решение о создании водородной бомбы принималось келейно, без публичного обсуждения и, по мнению Оппенгеймера, без честной оценки последствий. Скрытность стала служанкой безграмотных политиков, поэтому Оппенгеймер решил выступить против скрытности как таковой. 12 февраля 1950 года Оппенгеймер принял участие в телепремьере воскресного утреннего ток-шоу Элеоноры Рузвельт и открыто подверг сомнению манеру принятия решения, касавшегося водородной бомбы, что страшно разозлило Стросса. «Эти технические вопросы очень сложны, — сказал телезрителям Оппенгеймер, — однако они затрагивают самые основы нашей нравственности. То, что такие решения принимаются на основании фактов, которые держат в секрете, является для нас серьезной угрозой». В глазах Стросса выступление Оппенгеймера означало открытое неповиновение президенту, и Стросс позаботился, чтобы Белый дом получил расшифровку выступления.

Летом того же года Оппенгеймер в «Бюллетене ученых-атомщиков» повторил, что «решения принимались на основании фактов, которые держат от нас в секрете». На его взгляд, это было неумно и неуместно: «Имеющие отношение к делу факты не принесут пользы противнику, но незаменимы для понимания вопросов политики». В администрации президента его не поддержали. Тяга к скрытности только усугубилась.