Стросс уверовал, что Оппенгеймер сознательно пытается затормозить работу над водородной бомбой. Он видел в Оппенгеймере «генерала, уклоняющегося от сражения. От такого нечего ждать победы». В начале 1951 года Стросс, к тому времени уже не являвшийся членом КАЭ, пришел к председателю комиссии Гордону Дину и, читая по заранее написанной бумажке, обвинил Оппенгеймера в «саботировании проекта». Он предложил предпринять «какой-нибудь радикальный шаг», явно намекая на увольнение Оппенгеймера. Словно подчеркивая, чем рискует, выступая против Оппенгеймера, Стросс театрально бросил бумажку с заготовленной речью в горящий камин. Осознанно или нет, этот жест был символическим — мол, безопасность страны требует превращения авторитета Оппенгеймера в пепел.

Осенью 1949 года, когда внутренние дебаты о супербомбе еще набирали силу, Стросс получил доступ к секретной информации, которая еще больше разожгла его подозрения. В середине октября ФБР информировало Стросса о дешифровке советских секретных сообщений, показавших, что в Лос-Аламосе действовал советский шпион. Улики указывали на английского физика Клауса Фукса, прибывшего в Лос-Аламос в 1944 году в составе британской научной миссии. Еще через несколько недель выяснилось, что Фукс имел широкий доступ к засекреченной информации как об атомной, так и о водородной бомбе.

Пока ФБР и англичане вели следствие по делу Фукса, Стросс начал свое собственное расследование деятельности Оппенгеймера. Он позвонил генералу Гровсу и, сославшись на сведения в фэбээровском досье Оппенгеймера, попросил его рассказать об истории с Шевалье. Гровс написал два пространных письма, пытаясь объяснить, что именно случилось в 1943 году и почему он поверил объяснению Оппенгеймера. В первом письме Гровс решительно заявил, что считает Оппенгеймера лояльным американцем. Во втором попытался объяснить запутанность дела Шевалье.

Гровс четко дал понять, что не видит в поведении Оппенгеймера состава преступления. «Нужно понимать, — написал он Строссу, — что, если бы он немедленно отстранил каждого, у кого в прошлом имелись связи с друзьями, одно время симпатизировавшими коммунистам или русским, то потерял бы многих способных ученых».

Не удовлетворенный защитой Оппенгеймера со стороны Гровса, Стросс продолжал искать компромат. В начале декабря он связался с бывшим порученцем Гровса полковником Кеннетом Николсом, который терпеть не мог Оппенгеймера. Николс на много лет станет помощником и доверенным лицом Стросса. Их объединила ненависть к Оппенгеймеру. Николс с радостью предоставил Строссу копию письма Артура Комптона Генри Уоллесу, датированного сентябрем 1945 года, в котором Комптон, явно выступая от имени Оппенгеймера, Лоуренса и Ферми, заявил, что они «скорее предпочли бы проиграть войну», чем победить с помощью такого оружия геноцида, как супербомба. Стросс пришел в негодование, он узрел в письме Комптона еще один образчик тлетворного влияния Оппенгеймера. Тот факт, что письмо написал Комптон и что автора письма, помимо Оппенгеймера, поддержали Лоуренс и Ферми, Стросс оставил без внимания.