Во второй половине дня 1 февраля 1950 года, на следующий день после утверждения Трумэном плана создания супербомбы, Строссу позвонил Дж. Эдгар Гувер. Директор ФБР сообщил, что Фукс сознался в шпионаже. Хотя Оппенгеймер не имел отношения к переводу Фукса в Лос-Аламос, Стросс все равно вменял Оппенгеймеру в вину то, что шпионаж совершался, когда он стоял у руля. На следующий день Стросс написал Трумэну, что дело Фукса «лишь подкрепляет мудрость вашего решения [о супербомбе]». В сознании Стросса дело Фукса оправдывало его собственную одержимость секретностью и сопротивление передаче ядерной технологии и исследовательских изотопов англичанам или кому-либо еще. И Стросс, и Гувер считали, что разоблачение Фукса требовало еще раз внимательно присмотреться к левому прошлому Оппенгеймера.

Оппенгеймер впервые услышал о разоблачении Фукса в тот день, когда встретился с Энн Уилсон Маркс для обеда в популярном баре «Устрица» на Центральном вокзале Нью-Йорка. «Вы слышали о Фуксе?» — спросил он бывшую секретаршу. Оба запомнили Фукса как тихого, нелюдимого и где-то даже жалкого человека. «Новость ошарашила Роберта», — вспоминала Уилсон. С другой стороны, Роберт подозревал, что осведомленность Фукса о супероружии ограничивалась непрактичной моделью, рассчитанной на «воловью упряжку». На той же неделе Оппенгеймер в шутку сказал Абрахаму Пайсу, что было бы здорово, если Фукс рассказал русским все, что знал о супербомбе, так как это «отбросило бы их назад на несколько лет».

Всего за несколько дней до опубликования признания Фукса в шпионаже Оппенгеймер выступил свидетелем на закрытом заседании Объединенной комиссии по атомной энергии. На конкретный вопрос о его политических связях в 1930-х годах Оппенгеймер спокойно ответил, что наивно полагал, будто у коммунистов имелось решение проблем, с которыми страна столкнулась в период Великой депрессии. В Америке его ученики не могли найти работу, из-за границы угрожал Гитлер. Отрицая собственное членство в партии, Оппенгеймер признал, что в военные годы поддерживал связи с друзьями-коммунистами. Однако со временем он увидел у Коммунистической партии «дефицит честности и принципиальности». К концу войны, по его словам, он превратился в «непоколебимого антикоммуниста, для кого прежние симпатии к коммунистическим идеям служили иммунитетом от повторного заражения». Он жестоко критиковал коммунизм за «мерзкую фальшь» и «проявления скрытности и догматизма».

После заседания младший сотрудник комиссии Уильям Лискам Борден прислал Оппенгеймеру вежливое письмо, в котором поблагодарил его за выступление: «Я… полагаю, что вы правильно сделали, приехав на заседание комиссии, и что это принесло много пользы».