Подготовка защиты превратилась для Оппенгеймера в жестокое испытание. Он почти каждый день сидел в своем кабинете в Фулд-холле с Гаррисоном, Марксом и другими юристами, готовя черновик заявления и обсуждая тонкости дела. Каждый день в пять вечера он выходил из корпуса и шел пешком через поле в Олден-Мэнор. Нередко юристы шли вместе с ним и продолжали работу до позднего вечера у него дома. «Это были очень напряженные дни», — вспоминала Верна Хобсон. Роберт, однако, сохранял почти невозмутимое выражение. «Казалось, что он хорошо держится, — рассказывала секретарша. — Он обладал поразительной стойкостью, какая часто встречается у людей, победивших туберкулез. Будучи страшно худым, он отличался невероятной выносливостью». Наступила середина февраля, а Хобсон, преданная и очень осмотрительная секретарша, все еще так и не рассказала мужу о событиях у нее на работе. Она чувствовала себя неуютно и однажды попросила Роберта разрешить ей рассказать о его неприятностях Уайлдеру. Оппенгеймер, остолбенев, посмотрел на нее и ответил: «Я думал, что вы давно это сделали».

Оппенгеймер работал над письменным ответом на обвинения КАЭ с «невероятным упорством». Хобсон запомнила, как он «отвергал черновик за черновиком в мучительной попытке достижения полной ясности и правдивости. Даже представить не могу, сколько часов он на это потратил». Сидя в кожаном поворотном кресле, Роберт по несколько минут молча думал, потом черкал пару строк, вставал и, расхаживая по кабинету, начинал диктовать. «Он умудрялся диктовать законченными предложениями и параграфами целый час подряд, — вспоминала Хобсон. — И когда мои кисти почти переставали слушаться, вдруг говорил: “Давайте сделаем перерыв на десять минут”». Потом возвращался и диктовал еще час. Вторая секретарша Роберта Кей Рассел распечатывала скоропись Хобсон через три интервала. Роберт делал правку, после чего Кей перепечатывала текст заново, а Китти редактировала. Наконец, Роберт все проверял еще раз.

Несмотря на упорство, Оппи готовил защиту, практически ни на что не надеясь. В конце января он отправился на крупную конференцию по физике в Рочестере, штат Нью-Йорк. Там собрались все светила от физики — Теллер, Ферми, Бете. На людях Роберт не подавал виду, однако Бете по секрету признался в уверенности, что проиграет слушание. Теллер уже слышал о приостановке секретного доступа Оппенгеймера. Во время перерыва он подошел к Роберту и сказал: «Мне жаль, что у вас неприятности». Роберт спросил, считает ли Теллер, что он (Оппенгеймер) совершил за прошедшие годы что-либо «пагубное». Когда Теллер ответил «нет», Роберт холодно заметил, что был бы благодарен, если бы Теллер повторил то же самое его адвокатам.