К концу июня Стросс заручился голосами всех, кроме одного, членов КАЭ. Единственный ученый в составе комиссии, профессор Смит, дал четко понять, что будет голосовать за продление секретного допуска. Автор «Отчета Смита» 1945 года, несекретной истории Манхэттенского проекта, был хорошо знаком с Оппенгеймером и проблемами с продлением его секретного допуска. В личном плане Смиту не было до Оппенгеймера никакого дела. В Принстоне они десять лет жили по соседству, и Оппенгеймер всегда казался Смиту тщеславным и много мнящим о себе человеком. Важно было то, что Смит не считал доказательства очевидными. В начале мая за обедом у Смита возник спор со Строссом о вердикте. Перед уходом Смит сказал: «Льюис, разница между нами в том, что вы все видите в черно-белых тонах, в то время как я все вижу серым».

«Гарри, — огрызнулся Стросс, — позвольте порекомендовать вам хорошего окулиста».

Несколькими неделями позже Смит оповестил Стросса о своем намерении высказать особое мнение в письменном виде. Работая каждый вечер до полуночи, Смит продирался сквозь отчет Грея и расшифровку показаний — стопку бумаги толщиной 12 сантиметров. Чтобы справиться с задачей, он попросил помощи у двух референтов КАЭ. Николс предупредил одного из них, Филипа Фарли, что это задание нанесет ущерб его карьере, однако Фарли не испугался и согласился работать со Смитом. К 27 июня Смит подготовил черновик своего особого мнения, но тут узнал, что окончательный вариант мнения большинства был полностью переписан. Это вынудило его переделать свою версию ответа.

Смит и его помощники начали составлять новый вариант особого мнения в семь вечера в понедельник 28 июня. Для представления окончательного документа у Смита оставалось всего двенадцать часов — этот срок КАЭ установила для себя сама. Ночью Смит выглянул в окно и увидел стоящую около дома машину, а в ней — двух человек, наблюдавших за домом. Смит подумал, что их прислал кто-нибудь из КАЭ или ФБР, чтобы запугать его. «Смешно, что мне приходится все это терпеть из-за Оппенгеймера, — сказал Смит помощникам, — при этом этот парень мне совсем не нравится».

В десять утра Фарли доставил в офис КАЭ особое мнение Смита и проследил, чтобы его воспроизвели без купюр. После обеда протест Смита и мнение большинства были переданы прессе. Члены КАЭ проголосовали четырьмя голосами против одного за то, чтобы признать Оппенгеймера благонадежным, и четырьмя голосами против одного за то, чтобы признать его угрозой безопасности. Из мнения большинства были выброшены все упоминания о вопросах, связанных с водородной бомбой, несмотря на то что они были одним из главных пунктов решения комиссии Грея. По указке Стросса решение большинства сосредоточило внимание на «существенных изъянах» в характере Оппенгеймера. На первый план вышли дело Шевалье и отношения Оппенгеймера с учениками-коммунистами в 1930-х годах. «Документы свидетельствуют, что доктор Оппенгеймер постоянно пренебрегал правилами, существующими для других. Он давал ложные показания по вопросам, за которые нес серьезную ответственность в отношении национальных интересов. В общении с другими он неоднократно проявлял своенравное неуважение к стандартным обязательствам по соблюдению секретности».