С помощью друзей-единомышленников Льюис Стросс добился своего — «лишил Оппенгеймера сана». Последствия этого шага для американского общества были неизмеримы. В опалу попал всего один ученый. Однако возможность серьезных преследований за критику государственной политики насторожила всех его коллег. Вскоре после слушания соратник Оппенгеймера по МТИ доктор Ванневар Буш написал другу: «То, насколько человек технического склада, работающий с военными, имеет право публично высказывать свое мнение, довольно щекотливый вопрос. <…> Я соблюдал правила с почти религиозным усердием, возможно, даже чересчур». Опыт подсказывал Бушу, что публичное обсуждение того, о чем говорят в правительственных кулуарах, контрпродуктивно. С другой стороны, «когда гражданин видит, как его страна вступает на путь, который, на его взгляд, может обернуться катастрофой, он обязан высказать свое мнение». Буш разделял многие критические воззрения Оппенгеймера на растущую зависимость Вашингтона от ядерного оружия. Но в отличие от Оппенгеймера он никогда их не озвучивал. Оппенгеймер рискнул, и теперь коллеги наблюдали, как с ним расправляются за отвагу и патриотизм.

Научное сообщество переживало эту травму многие годы. Теллер стал для многих бывших друзей парией. Тремя годами позже Раби все еще не мог сдержать гнев в адрес тех, кто выступил против его друга. Столкнувшись с Юджином Зуккертом в дорогом французском ресторане Нью-Йорка «Вандомская площадь», Раби разразился яростными проклятиями. Он во всеуслышание обвинил Зуккерта в решении, которое тот принял в качестве члена КАЭ. Униженный Зуккерт поспешно ретировался и пожаловался Строссу на поведение Раби.

Ли Дюбридж написал Эду Кондону: «Само дело Оппенгеймера, вероятно, уже ничем не поправить. Термин “угроза безопасности” настолько широк, что можно начать с обвинений в измене, закончить осуждением за мелкую ложь, а наказание наложить как за измену. Я не сомневаюсь, что Роберт отчасти говорил неправду, и теперь в глазах общества любой, кто однажды солгал и в прошлом был “коммунистом”, не заслуживает прощения».

Несколько лет после Второй мировой войны ученых считали новым классом интеллигенции, членами касты жрецов, формирующих государственную политику, от которых по праву ожидали не только научных, но и философских советов по устройству общества. После развенчания Оппенгеймера ученые поняли, что отныне смогут служить государству лишь в качестве экспертов по узконаучным вопросам. Как впоследствии заметил социолог Дэниел Белл, процесс над Оппенгеймером положил конец послевоенному «мессианству ученых». Ученые, работавшие внутри государственного аппарата, больше не могли отступать от официальной политики, как это сделал Оппенгеймер со своей статьей для «Форин афферс» в 1953 году, и при этом рассчитывать на включение в состав государственных экспертных комиссий. По сути, судилище над Оппенгеймером произвело перелом в отношениях между учеными и государством. Во взаимоотношениях американских ученых и государства возобладал узколобый подход.