Несколько десятков лет американские ученые толпами уходили на частные хлеба в промышленные научно-исследовательские лаборатории. В 1890 году существовало всего четыре такие лаборатории, в 1930 году — больше тысячи. Вторая мировая война лишь усилила этот тренд. В Лос-Аламосе Оппенгеймер, разумеется, играл роль организатора производственного процесса, но потом пошел другим путем. В Принстоне он не имел отношения к военным лабораториям. С возрастающей тревогой наблюдая за становлением феномена, который Эйзенхауэр назвал «военно-промышленным комплексом», Оппенгеймер пытался воспользоваться своим звездным статусом, чтобы поставить под сомнение растущую зависимость научного сообщества от прихотей военных. В 1954 году он потерпел поражение. Как потом заметил историк науки Патрик Макграт, «такие ученые и администраторы, как Эдвард Теллер, Льюис Стросс и Эрнест Лоуренс, с их жестким милитаризмом и антикоммунизмом довели ученых и научные учреждения Америки до почти абсолютного рабского преклонения перед интересами американской военщины».
Поражение Оппенгеймера было одновременно поражением американского либерализма. В ходе судебного процесса над атомными шпионами, четой Розенбергов, либералам не пришлось держать ответ. Элджера Хисса обвинили в лжесвидетельстве, но подспудно подозревали в шпионаже. Дело Оппенгеймера было иного свойства. Несмотря на индивидуальные подозрения Стросса, никаких улик, изобличающих Оппенгеймера в передаче секретных сведений, не нашлось. Комиссия Грея полностью оправдала его по этому вопросу. Однако подобно многим сторонникам «Нового курса» Рузвельта Оппенгеймер в прошлом был левым, работал на благо Народного фронта и поддерживал близкие контакты со многим коммунистами и самой партией. Став либералом, растерявшим иллюзии в отношении СССР, он воспользовался своим звездным статусом, чтобы присоединиться к либеральному внешнеполитическому истеблишменту. Среди его друзей числились Джордж К. Маршалл, Дин Ачесон и Макджордж Банди. Либералы стали считать Оппенгеймера своим. Поэтому его унижение бросило вызов либерализму в целом, либеральные политики поняли, что правила игры изменились. Теперь, даже если тебя не обвиняли в шпионаже, даже если твоя благонадежность была вне сомнений, оспаривать разумность зависимости Америки от ядерного арсенала стало небезопасным делом. Таким образом, слушание по делу Оппенгеймера явилось существенным элементом сужения свободы публичных обсуждений, что характеризовало начальный период холодной войны.