Оппенгеймер продолжал выступать с лекциями, в основном в университетах, затрагивая, как правило, самые разные темы в области науки и культуры. Лишенный звания государственного служащего, он черпал свой личный авторитет исключительно в статусе общественного деятеля. Оппенгеймер вошел в образ тихого гуманиста, озабоченного выживанием человечества в эпоху оружия массового поражения. Отвечая на вопрос редакторов журнала «Крисчен сенчури» в 1963 году о трудах, повлиявших на его философские взгляды, Оппенгеймер назвал десять книг. Во главе списка значился сборник стихотворений Бодлера «Цветы зла», за ним следовала «Бхагавадгита», список замыкал «Гамлет» Шекспира.

Весной 1963 года президент Кеннеди официально объявил, что собирается вручить Оппенгеймеру престижную премию имени Энрико Ферми — необлагаемые налогом 50 000 долларов и медаль за гражданскую службу. Все поняли, что это был символический акт политической реабилитации. «Какая мерзость!» — воскликнул один сенатор-республиканец, услышав новость. Референты-республиканцы Комиссии по расследованию антиамериканской деятельности распространили выжимку из обвинений против Оппенгеймера от 1954 года на пятнадцати страницах. В противоположном лагере радиокомментатор Си-би-эс Эрик Северейд назвал Оппенгеймера «ученым, который пишет, как поэт, и вещает, как пророк», одобрив присуждение премии как символ реабилитации национального светила. Когда репортеры осадили Оппенгеймера, желая узнать его реакцию, тот ответил уклончиво: «Сегодня неподходящий день, чтобы трепать языком. Я не хочу помешать тем ребятам, кто этого добивался». Роберт понимал, что премию протолкнули его друзья в президентской администрации Макджордж Банди и Артур Шлезингер-младший.

Эдвард Теллер, которому такую же премию вручили годом раньше, незамедлительно поздравил Оппенгеймера: «Меня часто подмывало кое-что вам сказать. Сегодня я могу это сделать с полной убежденностью и сознанием, что я поступаю правильно». Впрочем, администрацию Кеннеди потихоньку агитировали за восстановление секретного доступа для Оппенгеймера многие физики. Они хотели добиться не символической реабилитации, а реального оправдания своего друга. Однако Банди счел политическую цену слишком высокой. Даже после объявления о награждении Оппенгеймера, прежде чем организовать вручение премии лично президентом на церемонии в Белом доме, Банди долго выжидал, проверяя реакцию республиканцев.

Двадцать второго ноября 1963 года Оппенгеймер сидел в своем кабинете и работал над благодарственной речью для церемонии награждения, намеченной на 2 декабря, как вдруг раздался стук в дверь. Это был Питер. Он сказал, что по радио только что сообщили об убийстве президента Кеннеди в Далласе. Роберт отвел взгляд в сторону. В этот момент в кабинет вбежала Верна Хобсон и воскликнула: «Боже мой! Вы слышали?» Роберт посмотрел на нее и сказал: «Питер только что рассказал». Когда собрались все остальные, Роберт спросил двадцатидвухлетнего сына, не желает ли он выпить. Питер кивнул. Роберт пошел в кладовую, где Верна держала алкоголь. Питер заметил, что отец просто стоит, «опустив руку, то и дело потирая безымянным пальцем большой палец и глядя на полку с бутылками». Наконец Питер пробормотал: «Да ладно, не надо». Они вернулись вместе, и Роберт произнес: «Теперь все быстро посыплется». Позже он скажет Питеру, что не испытывал большего потрясения со времени смерти Рузвельта. Всю следующую неделю Роберт, подобно остальным американцам, сидел перед телевизором и наблюдал за продолжением трагедии.