Затопление старых кораблей, чтобы создать препятствие неприятелю, не было новинкой. Корнилов этот приём хорошо знал и сам предлагал его для защиты Николаева. «...Я опасаюсь за Николаев, — писал он Метлину в феврале 1854 года. — Надо будет взять все меры, чтобы не допустить экспедицию пароходов к Поповой балке... даже можно затопить суда. Стоит прочесть историю речных подвигов англичан в Америке в 1812 году, когда не было у них пароходов»²⁹². Действительно, во время англо-американской войны (1812—1814) англичане у Балтимора столкнулись с заграждением из затопленных торговых кораблей и не смогли взять город.

Результат обсуждения Корнилов сообщил Меншикову, и тот приказал немедленно привести в исполнение план Зарина. Однако неожиданно сам Корнилов не согласился и заявил, что всё равно выйдет в море и нападёт на неприятельский флот. Меншиков, удивившийся сопротивлению, объявил: «Если эта мера (затопление кораблей. — Н. П.) окажется напрасной, то я выстрою такие же корабли на свой счёт. Выполнение приказа я возлагаю на контр-адмирала П. М. Вукотича, вы можете ехать в Николаев».

Обязанность повиноваться возобладала над эмоциями, и Корнилов смирился. Приготовленные к затоплению линейные корабли «Силистрия», «Три святителя», «Селафаил», «Уриил» и «Варна», корветы «Сизополь» и «Флора» с отвязанными парусами встали между Константиновской и Александровской батареями. С них свезли на берег имущество и вооружения, сняли флаги, пробили дыры и открыли краны.

Вечером 10 сентября вечером на берегу собрались офицеры, матросы, их жёны и дети. Все молча смотрели, как корабли медленно скрывались под водой. «Три святителя» никак не хотел тонуть, и только когда пароход «Громоносец» сделал по нему 27 выстрелов, он стал медленно заваливаться на борт и уходить под воду. Моряки, привыкшие смотреть опасности в лицо, — и матросы, и адмиралы, — не скрывали слёз: тяжело было видеть гибель своих кораблей от собственных пушек. «Тем прекратилось существование корабля и окончилась кампания, — записали 11 сентября в вахтенном журнале «Трёх святителей», — офицеры и нижние чины вступили в баталионы и команды, составленные для защиты города»²⁹³.

И. Ф. Лихачёв, флаг-офицер Корнилова, в статье, посвящённой роли Черноморского флота в годы Крымской войны, оценил его возможности и назначение: «Черноморский флот создан был против Турции, и другого для него объекта не было... Полное обладание морем оставалось в руках наших противников... в силу неизбежных обстоятельств флот наш оставался в положении пассивного ожидания». И Корнилов, и Нахимов это прекрасно понимали. Если противник поведёт осаду с моря, увести флот из Севастополя, чтобы спасти, невозможно, поскольку единственные пути отступления — через Керченский пролив или Днепровский лиман; но тамошние глубины не позволяли проводить большие корабли. «Во время Крымской войны с нашей стороны много было сделано больших, очень больших ошибок, но... потопление кораблей... не только не может считаться ошибкой, но представляется лучшим, что можно было в данных обстоятельствах сделать»²⁹⁴, — считал Лихачёв.