Тем временем неприятель встал лагерем на высотах Бельбека. Все ждали штурма со дня на день, но неожиданно войска двинулись на восток, поднялись на Мекензиевы горы и затем стали спускаться к Черной речке, явно намереваясь атаковать не Северную, а Южную сторону.
На Южной стороне был Нахимов с шестью резервными батальонами 13-й пехотной дивизии и 44-м флотским экипажем, имея всего пять тысяч штыков на позиции, растянувшейся на семь вёрст. Отбиться своими силами не было никакой возможности, а ждать помощи неоткуда: Корнилов занят обороной Северной стороны, Меншиков с армией ушёл, и неприятель отрезал его от Севастополя.
Тогда Нахимов принял единственно возможное решение — затопить оставшиеся корабли и принять с моряками честную смерть в бою. 14 сентября он отдал приказ:
«Неприятель подступает к городу, в котором весьма мало гарнизона; я в необходимости нахожусь затопить суда вверенной мне эскадры, а оставшиеся на них команды с абордажным оружием присоединить к гарнизону. Я уверен в командирах, офицерах и командах, что каждый из них будет драться как герой. Нас соберётся до трёх тысяч, сборный пункт на Театральной площади, о чём по эскадре объявляю»303.
«Неприятель подступает к городу, в котором весьма мало гарнизона; я в необходимости нахожусь затопить суда вверенной мне эскадры, а оставшиеся на них команды с абордажным оружием присоединить к гарнизону. Я уверен в командирах, офицерах и командах, что каждый из них будет драться как герой. Нас соберётся до трёх тысяч, сборный пункт на Театральной площади, о чём по эскадре объявляю»303.
В кораблях уже прорубили дыры и начали свозить с них на 4-ю батарею абордажные топоры, провизию, картечь и гранаты, как вдруг Корнилов привёл на Южную сторону 11 флотских батальонов. Приказ о затоплении приостановили.
Теперь созданные из экипажей батальоны под командованием своих командиров отправились на бастионы. Вечером Корнилов провёл совещание, где объявил диспозицию. Все бастионы и батареи города делились на три дистанции: первая — от батареи № 10 до 5-го бастиона, командир генерал-майор Асланович, отвечающий за артиллерию капитан 1-го ранга Иванов; вторая — от 5-го до 3-го бастиона, под командованием вице-адмирала Новосильского и контр-адмирала Юхарина; третья — от 3-го бастиона до Килен-балки, включая Малахов курган, под руководством контр-адмирала Истомина и подполковника Ползикова.
В это время неприятельские корабли заняли Балаклаву и херсонесские бухты, высадили войска и выгрузили артиллерию. 16 сентября неприятель приблизился к городу и встал несколькими лагерями: у Дергачева хутора, между двумя почтовыми дорогами в балке, у хутора Сарандинаки, у Панютина хутора, в Балаклаве и рядом с Георгиевским монастырём. В Севастополе было объявлено осадное положение.