Едва узнав о высадке неприятеля в Евпатории, Иннокентий поспешил к Бахчисараю. Но Меншиков отклонил его стремление приехать в Севастополь. Тогда архиепископ отслужил литургию и произнёс проповедь о неразумных девах, проспавших прибытие жениха. Сохранилось немало писем преосвященного, в которых он задавал вопросы, неприятные для командования: «Оставленный князем Меншиковым Севастополь что имел тогда для своей необходимости?»; «В продолжение осени и зимы был ли одет наш солдат и дошло ли до него множество тулупов и других вещей?»; «Мог ли быть взят нами обратно Малахов курган и что было бы следствием, если бы он был взят?»³⁹⁵

После отбытия из Севастополя Меншикова архиепископ Иннокентий приехал в город, уже не спрашивая разрешения. Отдавая дань защитникам Севастополя, он в проповеди, перефразируя библейские слова, сказал: каждый русский, кому суждено будет приблизиться к городу, должен «изуть сапоги от ног своих, ибо место сие свято есть». Этот день запомнился в Севастополе всем; когда в храме запели «Спаси, Господи, люди Твоя!», у многих выступили слёзы. А вскоре по городу разнеслась горестная весть — Нахимов тяжело ранен.

Двадцать восьмого июня в четыре часа пополудни Павел Степанович начал свой обычный объезд бастионов и батарей в сопровождении адъютантов и флаг-офицеров Колтовского и Фельдгаузена. Чувствовал он себя все эти дни неважно — сказывалась непомерная усталость, но все усилия племянника остановить его оказались напрасными. «Как едешь на бастион, так веселее дышишь», — заявил он.

На третьей оборонительной дистанции осмотрели батареи, затем зашли в блиндаж А. И. Панфилова, у него отдохнули, выпили лимонаду — день был жаркий и безветренный, потом поехали на 3-й бастион, откуда слышалась ожесточённая перестрелка. «В 6 часов вечера приехал ко мне Нахимов, — писал Панфилов домой. — А когда он сел на лошадь и я прощался с ним, мне попала пуля в левую сторону груди, но не пробила даже сюртука — странный случай при прощании!»³⁹⁶

Нахимов всю дорогу беседовал — в этот день он вообще был чрезвычайно весел и любезен — и на предложения Колтовского укрыться возразил:

— Как приятно ехать такими молодцами, как мы с вами. Так нужно, друг мой, ведь на всё воля Бога, и ежели Ему угодно будет, то всё может случиться: что бы вы тут ни делали, за что бы ни прятались, чем бы ни укрывались, ничто бы не противостояло Его велению, а этим показали бы мы только слабость характера своего. Чистый душой и благородный человек будет всегда ожидать смерти спокойно и весело, а трус боится смерти...