Помехой успешному браку Ксении каждый раз служило нежелание женихов перебираться в Московское царство и переходить в православие. Решить проблему помог старый знакомый Авдотьи Степан Литвин. Он в это время служил дьяком в Посольском приказе.

Степан побывал в Германии и уговорил приехать в Москву принца Иоанна Шлезвиг-гольштейнского, стал учить его русскому языку. В столице Авдотья познакомила принца с отцом Иллиодором, и тот убедил его перейти в православие.

Принц был хорошо принят в семье Годуновых, и дело быстро шло к заключению брака. Однако прямо перед свадьбой принц неожиданно умирает от апоплексического удара, как тогда говорили. Признаками этого удара было сильное жжение во рту и кровотечение из носа, которое нельзя было никак остановить.

Авдотья сообразила, что принца отравили, и указала царю на сестру его жены – Екатерину Григорьевну. Накануне у них из Аптекарской избы пропал кувшин с настойкой чистотела. Проведенное следствие выявило, что кувшин за большие деньги купил слуга Екатерины Григорьевны Шуйской. Якобы, зелье потребовалось хозяйке для лечения покрывшей тело сыпи.

Царь Борис обсудил эту тему с женой – Марией Григорьевной. Та встала стеной на защиту своей сестры и убедила мужа, что это все наговоры его любимицы знахарки Авдотьи. Борис Федорович, чтобы не ссориться с женой, отстранился от своего верного лекаря.

Судьба после этого охлаждения еще дважды тесно сводила старых знакомых.

Первый раз причиной обращения царя к знахарке стало необычное природное явление. В феврале 1600 г. произошло извержение вулкана Уайнапутина в Испанском Перу. Это извержение привело к выбросу в атмосферу Земли такого количества пепла, что он полностью закрыл ее от солнца и спровоцировал начало малого ледникового периода.

Над Московским царством летом этого года десять недель подряд шли проливные дожди, а потом сразу ударили морозы. Весь урожай в стране погиб. На следующий, и еще через один год страшное ненастье повторилось.

Вот как описал эти события в своем Сказании Авраамий Палицин: «Омрачи Господь небо облаки и толико дождь пролиася, яко вси человeцы во ужасть впадошя и преста всяко дeло земли и всяко сeмя сeянное возрастши разсeдеся от безмeрных вод, лиемых от воздуха; и не обвeя вeтр травы земныя за десять седмиц дьней и прежде простертиа серпа поби мраз силный всяк труд дeл человeческих и в полeх и в садeх и в дубравах всяк плод земный, и яко от огня поядена бысть вся земля».

Начался Великий голод. Правительство бесплатно раздавало запасы продовольствия, требовало этого же от бояр, дворян и монастырей. Однако массовая гибель людей от голода продолжалась. По всей стране распространился страшный мор. Как его остановить никто не знал.