Зелье оказалось очень эффективным. Царевич Федор до беспамятства влюбился в Ирину Годунову. Дело быстро дошло до женитьбы. Отец, царь Иван Васильевич, отговаривал сына от брака с незнатной, да к тому же и не очень видной молодой девушкой. Однако обычно мягкий и послушный, царевич непоколебимо стоял на немедленной женитьбе. Устраивать обычный в таких случаях смотр невест со всего царства он наотрез отказался.

Венчание и свадьба молодых прошли в узком семейном кругу. Всем придворным объяснили, что так надо, поскольку это всего лишь младший сын и ему никогда не бывать царем.

Борис Федорович Годунов сильно выиграл, породнившись с царем. Он получил звание боярина и постепенно вошел в большое доверие к царю.

В благодарность за оказанную сестре услугу, Борис Годунов добился открытия Аптекарской избы, которая отвечала за развитие лечебного дела в Московском царстве. Во главе этого нового управленческого учреждения царский свояк поставил своего племянника Степана Степановича, но его негласным руководителем стала, конечно, Авдотья.

Для обеспечения больных лечебными зельями, прямо в Кремле был посажен Аптекарский огород.

Заведовать выращиванием и заготовкой лекарственных трав и кореньев Авдотья пригласила из Свято-Троицкого монастыря свою тетку Арину. Тетка приехала в столицу вместе с Петром, за которого незадолго до этого вышла замуж. К работе над заготовками лечебных трав и корешков привлекли дочку Гордея Старого – Настю, с которой Авдотья не переставала дружить все это время.

Вскоре после образования Аптекарской избы тяжело заболел купец Конон Полесский. Авдотья и Арина вылечили купца, хотя давать лечебные зелья кому-либо помимо членов Боярской Думы, из Аптекарской избы было строго-настрого запрещено.

Конон после выздоровления к активному занятию торговыми делами не вернулся. В благодарность за то, что сестры Поляковы его подняли на ноги, он сделал Петра приказчиком всей своей обширной торговой империи.

Одним из главных недоброжелателей Авдотьи при дворе был приехавший из Англии лекарь Элизеус Бомелиус. Тот самый, на кого Михаил Иванович Воротынский указал царю, как на потенциального отравителя. Авдотья знала о том, что князь спас ее семью от гибели, грозившей тогда со стороны рассвирепевшего Ивана Васильевича. Сам английский лекарь об этом факте не знал, но не хотел терпеть конкурентов в лечебном деле при дворе и всячески пытался навредить людям, связанным с Аптечной избой.

Убрать могущественного недоброжелателя помог случай.

В конце 1579 г. Авдотья случайно встретила в Кремле своего старого знакомого стрелецкого сотника Юрия Нечаева. Недавно он был назначен руководителем одного из отрядов дворцовой стражи. Старые знакомые при встрече разговорились, стали вспоминать Смоленск, житье-бытье в гуляй-городе во время битвы при Молодях.