Попп внимательно читал книгу Ганса Гросса и понимал, что настоящая криминалистика и естествознание – неразделимы. В октябре 1904 г. прокуратура Фрайбурга-им-Брайсгау пригласила Поппа в Вильдталь. Там была убита портниха Ева Диш. Ее задушили ее же собственным сине-красным шарфом. Тело обнаружили на поле, засаженном фасолью. Преступник оставил единственную улику – грязный носовой платок. Попп под микроскопом разглядел на этом платке красные и синие волокна, совпадавшие с волокнами шарфа, которым удавили швею. В носовой слизи обнаружились частички нюхательного табака, угольная пыль, песчинки и кристаллы минерала роговая обманка. Подозрения пали на некоего Карла Лаубаха, служившего раньше в Иностранном легионе, а теперь работавшего на газовом заводе и в гравийном карьере, большого охотника до нюхательного табака. Лаубаха задержали, Попп с удвоенным энтузиазмом принялся за свои исследования. Под ногтями Лаубаха скопились залежи угольной пыли, песка и кристаллов роговой обманки, но, прежде всего, под микроскопом были обнаружены красные и синие волокна с шейного платка жертвы. Вскоре Попп, осматривая брюки подозреваемого, нашел в области лодыжки пятна – брюки были запачканы землей. Это была желтая глина со светло-серым илистым налетом. Попп определил вид и количество кварцевых зерен, минералов и растительных волокон внутри глинистого слоя и сравнил их с пробами почвы с поля, где нашли жертву. При сравнении пятно на брюках и образец почвы с поля оказались идентичны. Серый налет содержал, напротив, большое количество слюды и угольной пыли. Точно такая же комбинация была обнаружена в пробах почвы с проселочной дороги, которая вела к жилищу Лаубаха. Попп сделал вывод, что во время убийства Лаубах запачкал штаны глиной, а по дороге домой – еще и грязью проселочной дороги. Лаубах признал вину, Попп оказался совершенно прав, и франкфуртские газеты опубликовали репортажи о раскрытии преступления под заголовком: «Детектив под микроскопом». Попп осуществил многие основополагающие идеи Дойла и требования Гросса. В том же году он выступил на общем собрании Союза независимых общественных химиков Германии и перед уважаемыми членами медицинского общества имени И. Х. Зенкенберга. В своих обширных докладах Попп рассказал о возможностях химии, геологии и ботаники для развития научной криминалистики.

Просьба о помощи от прокурора Зона застала Поппа на первом этаже его дома по улице Ниденау, 40, где он жил, работал и собрал свой частный музей криминалистики, которому позавидовали бы и в столичной полиции. Но от «комнаты ужасов», в которые часто превращаются полицейские музеи, музей Поппа отличало то, что здесь в фотографиях, документах и препаратах для микроскопического исследования были представлены те случаи, которые он помог раскрыть как ученый и естествоиспытатель.