Воспользовавшись арестом главного маршала авиации, дважды Героя Советского Союза А.А. Новикова, Абакумов сумел «выбить» у него показания против Г.К. Жукова. Суть их сводилась к тому, что Жуков считает себя главным творцом победы, недооценивает при этом роль Коммунистической партии и неуважительно отзывается о Верховном главнокомандующем.

Вину Новикова и наркома авиапромышленности Шахурина сочли доказанной. По словам Судоплатова, Сталин спросил Абакумова: «Какую меру наказания вы предлагаете?» Тот ответил: «Расстрел». Сталин возразил: «Мы должны заставить их работать».

1 июня 1946 года на заседании Высшего Военного совета было зачитано «Заявление», подписанное Новиковым (и составленное, в основном, сотрудниками Абакумова) и обвиняющее Жукова. Маленков и Молотов поддержали обвинение. (Трусливый и недальновидный поступок Маленкова, старавшегося избежать ответственности за неполадки в авиастроении.) Жуков категорически отрицал свою причастность к какому-либо заговору. Сталин, выслушав его, сказал: «А все-таки вам, товарищ Жуков, придется на некоторое время покинуть Москву».

Еще в 1930-х годах секретарь парторганизации Наркомата обороны Г.К. Жуков был тесно связан с заведующим орготделом МК партии Маленковым. Летом 1937 года, уничтожая белорусские руководящие кадры (в том числе и военные), Маленков вспомнил о Жукове, служившем тогда в Белорусском военном округе, поспособствовал его повышению, а впоследствии рекомендовал на высокие военные посты. В Великую Отечественную войну Маленков и Жуков направлялись Сталиным в Ленинград и Сталинград, вместе наводили там жестокий порядок. Теперь оба оказались под ударом (возможно, не без усилий «ленинградской группы», претендовавшей на высшие посты в руководстве партией и страной). Маленков был лишен поста секретаря ЦК. Как указывалось в решении ЦК партии: «Установлено, что т. Маленков как шеф над авиационной промышленностью и по приемке самолетов – над военно-воздушными силами, морально отвечает за те безобразия, которые вскрыты в работе этих ведомств (выпуск и приемка недоброкачественных самолетов), что он, зная об этих безобразиях, не сигнализировал о них в ЦК ВКП(б)».

Протокол этого решения был подписан Ждановым. Как пишет историк А.В. Пыжиков, «практически все функционирование Центрального Комитета оказывалось в руках ленинградской группы и ее союзников (место Маленкова в Секретариате ЦК в мае 1946 года занял Н. Патоличев)». Добавим, что Патоличев был близок к ждановцам.

На Берии тоже сильно отозвалось «дело авиаторов». В апреле 1946 года был изменен состав коллегии возглавлявшегося им прежде МВД. Были назначены 7 новых заместителей министра, из них двое, в том числе и первый заместитель министра В.С. Рясной, были людьми Н.С. Хрущева, который с далеких днепровских берегов продолжал плести в Москве паутину своих интриг.