Пока численность братии не превышала полтора десятка, управлял ими сам преподобный Антоний. Все они жили в пещере, ископав в ней себе кельи и церковь. Потом преподобный, любя уединение, затворился в своей келье, а над братией поставил первого игумена Варлаама, позднее – перешел на соседний холм, ископал для себя новую пещеру и затворился в ней. Так возникли «ближние пещеры» (вновь изрытые прп. Антонием) и «дальние пещеры», именуемые так же Феодосиевы, где игуменом стал этот преподобный после недолго управлявших обителью прп. Варлаама и прп. Никона. Игумен Феодосий непосредственно управлял монастырем, однако, на любое сколько-нибудь серьезное дело, брал благословение у прп. Антония, который, живя в затворе, оставался для братии высшим духовным авторитетом. Так взошло над Русью двойное светило преподобных Антония и Феодосия Печерских, их даже на иконах изображают вместе.

Когда число иноков увеличилось, они решили построить уже наземный монастырь, куда и переселились из пещер в 1062 году. С тех пор подземные лабиринты были уже не местом общего жительства, а местом затворничества некоторых иноков, а так же местом погребения умерших монахов.

В ближних пещерах были погребены 80 угодников Божиих, а в дальних пещерах – 45 угодников. Большинство из них жили в первые 100 лет существования Киево-Печерской обители. Православный мир не знает других примеров, когда бы в одном монастыре за сотню лет прославилась сотня святых, тела которых, к тому же, Господь почтил нетлением. Этому посмертному чуду предшествовало множество прижизненных чудес.

В первой четверти XII века, когда число насельников Печерского монастыря простиралось до 180-ти, было между ними 30, имевших силу одним словом изгонять бесов. Такой великий дар дается Господом лишь тем, кто достиг вершин духовного совершенства, а потому изумление вызывает в первую очередь именно соборность печерского подвига. Это было сердце Руси, которое готовилось к великим подвигам и страшным испытаниям. Печерская обитель стала средоточием всего самого чистого, нравственно крепкого, что только было в русском народе, который тогда еще только зарождался. Здесь, напрягая до предела возможного собранные со всей Руси духовные силы, скопили эти лучшие люди великое богатство благодати Божией, изливая ее потом на всю Русь, и освящая ее, и очищая, и давая силы.

Мы молились в пещерах перед мощами преподобного Илии Муромца. В раке перед нами лежало маленькое, узкое в плечах тело, завернутое в парчу. Впрочем, исследования показали, что у этого человека – очень толстые кости, то есть при жизни он был чрезвычайно сильным. Неужели это и есть тот самый богатырь Илья Муромец? Ни в «Житиях святых» свт. Дмитрия Ростовского, ни в «Киево-Печерском патерике» его имя даже не упоминается. Хотя в святцах он назван и указано празднование ему – 28 сентября (ст. ст.) Только в «Полном Православном Богословском словаре» мы нашли напротив имени прп. Илии Муромца краткое пояснение: «Преподобный печерский, которого народ отождествлял с былинным героем. Живший около 1188 года».