Пикколомини часто менял покровителей и всегда умудрялся это сделать к своей же пользе, хотя иногда попадал в рискованные ситуации. Например, будучи на службе у епископа Новары, он едва избежал ареста. В Риме епископа задержали и посадили в тюрьму, обвинив в заговоре против Евгения IV. Пикколомини спасся бегством.

С 1433 года Пикколомини находился на службе у кардинала Никколо Альбергати. Летом 1435 года Пикколомини отправился в свите Альбергати в Бургундию, на конгресс в Аррас. Там обсуждался мир между Францией, Англией и Бургундией. Европейские руководители пытались закончить столетнюю войну. В Аррас прибыли послы практически всех стран Европы. Председательствовали на конгрессе посол папы римского кардинал Альбергати и посол Собора в Базеле кардинал Хью Лусиньян. Конгресс в Аррасе можно назвать первым общеевропейским конгрессом. На заключительной стадии конгресса Эней Пикколомини не присутствовал. Кардинал Альбергати послал его с секретной миссией в Шотландию. В своих мемуарах Эней Пикколомини красочно описывает приключения в Шотландии, но про цель поездки пишет уклончиво. Предполагают, что ему поручили добиться обещания от шотландцев начать враждебные действия по отношении к Англии с целью окончания столетней войны.

Англичане отнеслись к Энею с подозрительностью, и ещё в Кале его арестовали. Понадобилось вмешательство церковных властей, чтобы он хотя бы начал своё путешествие. В конце концов, он попал на корабль, переплыл Ла-Манш и добрался до Лондона. Ему удалось полюбоваться собором Святого Павла, Темзой и другими достопримечательностями, но англичане его выгнали. Тогда он нанял в Голландии корабль и направился в Шотландию морем, в обход. Корабль дважды попадал в сильнейший шторм, и Эней дал клятву, что если выживет, то совершит паломничество к монастырю Святой Девы. Он исполнил клятву. Высадившись на берег, а дело было зимой, Эней прошёл десять миль босиком до ближайшего монастыря Святой Девы. После этого подвига он навсегда испортил себе ноги.

В 1436 году Эней вернулся в Базель. Он покинул службу кардинала Альбергати и получил официальную должность при Соборе. Во время работы в Базеле Эней познакомился с Томмазо Сазана, будущим первым «ренессансным» папой Николаем V, и Николаем Кузанский, крупнейшим философом XV века.

Неизгладимое впечатление на Энея Пикколомини произвел председатель Собора кардинал Чезарини. Высокообразованный профессор римского права Джулиано Чезарини был на семь лет старше Пикколомини. Он происходил, как и Пикколомини, из небогатой семьи и положения в обществе добился собственными усилиями.