Кардинал Чезарини немного опоздал к открытию Собора. По заданию Евгения IV он возглавлял крестовый поход против сторонников Яна Гуса. Вернулся Джулиано Чезарини с театра военных действий с твёрдым убеждением, что с еретиками из Богемии надо вести переговоры. Под руководством кардинала Чезарини на Соборе некоторое время удавалось избежать крайностей, а именно роспуска Собора, как хотелось папе римскому, и отставки папы, к чему стремились наиболее горячие головы участников Собора. По настоянию Чезарини отцы Собора пригласили сторонников Яна Гуса. Произошло нечто невиданное в европейской церковной дипломатии – переговоры с еретиками. В 1436 году было подписано соглашение с последователями Яна Гуса. Католическая церковь Богемии получила независимость от Рима, а император Сигизмунд I смог появиться в Праге, где его, наконец, признали своим королём.
В своих мемуарах Эней Пикколомини сообщает, что сам он возглавлял комитет по вере, не уточняя характера своей работы. (Комитет по вере принимал участие в переговорах с гуситами.)
Наблюдая переговоры с богемскими отступниками и последующую славу Чезарини, возвратившего отступников в лоно церкви, Евгений IV в своих планах по установлению контроля над деятельностью Собора и восстановлению главенствующей роли папы решил воспользоваться переговорами с византийцами об объединении православной и католической церквей. В 1437 году Евгений IV отправил в Константинополь делегацию, в которую входил Николай Кузанский. Он был одним из немногих итальянцев того времени, владеющих греческим языком, и, возможно, именно ему удалось уговорить византийскую делегацию вести переговоры с папой, а не с отцами Собора.
В январе 1438 года Евгений IV объявил о переносе Собора в Феррару. Часть участников последовала его указаниям, а часть, несогласных подчиниться диктату папы, осталась в Базеле. Среди покинувших Собор были Томмазо Сазана, всегда выступавший за верховенство власти папы, и Николай Кузанский, посчитавший объединение с Восточной церковью важнее склок на Соборе. Уехал из Базеля и кардинал Чезарини. Он предлагал лошадей и деньги любому, кто отправится вместе с ним. Отъезд Чезарини Эней назвал ошибкой великого человека. Сам Эней Пикколомини остался в Базеле.
В Европе началась очередная схизма. Одновременно работали два Собора, в Базеле и в Ферраре. Большая часть европейцев на тот момент поддерживала Собор в Базеле. Парижский университет даже объявил решение Евгения IV перенести заседания в Феррару происками дьявола. Священная Римская империя заявила о своём нейтралитете.