При описании июньской депортации 1941 г. официальная эстонская историография также прибегает к искажениям и прямой лжи. Не соответствуют действительности утверждения о том, что количество депортированных составило более 10 тысяч человек, что под угрозой депортации находилась значительная часть граждан Эстонии, что депортация сопровождалась расстрелами и массовой гибелью депортируемых во время перевозки. Не соответствуют действительности и приводимые в «экспортных историях» данные о числе депортированных, умерших в период с 1941-го по 1956 г.

На самом деле в ходе июньской депортации из Эстонии было выслано 9156 человек, 3178 из которых были арестованы и отправлены в лагеря, а 5978 — на поселения в отдаленные районы СССР. Общая смертность среди этих людей была существенно ниже выдаваемых эстонскими историками оценок, однако достаточно высокой. В общей сложности за 15 лет (с 1941-го по 1956 г.) умерло около 2 тысяч заключенных. Точными данными о смертности среди ссыльных за этот период мы, к сожалению, не располагаем, однако, по всей видимости, число умерших не превышало 2 тысячи.

Описание советских репрессий в Эстонии в начале войны в официальной эстонской историографии практически полностью базируется на «данных» немецких пропагандистских органов, причем одни и те же цифры сначала выдаются за количество жертв всей «первой советской оккупации», а затем — за количество жертв военного времени. В качестве репрессий по непонятным причинам рассматриваются проводившиеся перед приходом немецких войск мобилизация и эвакуация из Эстонии. Недостаточность источниковой базы не дает нам возможности привести точные данные о советских репрессиях в Эстонии в начале войны. Однако даже имеющаяся информация противоречит данным официальной эстонской историографии. На самом деле в июне — октябре 1941 г. советскими военными трибуналами было вынесено от 240 до 320 смертных приговоров. Кроме этого, при приближении немецких войск в эстонских тюрьмах было расстреляно 226 заключенных, содержавшихся там по обвинению в антисоветской деятельности. Около 300 граждан Эстонии было осуждено к заключению в лагеря и колонии ГУЛАГа, а от 800 до тысячи боевиков антисоветских формирований «лесных братьев» — уничтожено в ходе боевых действий.

Таким образом, в результате «первой советской оккупации» в Эстонии было расстреляно 650–700 человек (в том числе около 250 в тюрьмах при приближении немецких войск), около 4,6 тысячи граждан Эстонии были направлены в лагеря и колонии ГУЛАГа, а около 6 тысяч — на поселения в отдаленные районы страны. Из числа арестованных и высланных впоследствии умерло в общей сложности около 5 тысяч человек, что, впрочем, обуславливалось не политикой Кремля, а лишениями военных лет, от которых страдало все население Советского Союза. Кроме того, в начале войны было уничтожено около тысячи боевиков из вооруженных формирований «лесных братьев». В целом репрессии периода «первой советской оккупации» затронули около 1–1,5 % населения Эстонии; они не могут быть названы массовыми и в значительной степени являются обоснованными. Отождествление этих репрессий с геноцидом невозможно.