Репрессии периода «второй советской оккупации» в эстонской официальной историографии описываются менее подробно. Однако и тут в ход идут прямые фальсификации. Утверждения о том, что после освобождения Эстонии в республике был развернут массовый террор против населения, не соответствуют действительности. На самом деле политика руководства СССР в послевоенной Эстонии была в значительной степени обоснованна и относительно умеренна — особенно на фоне массовой коллаборации эстонцев с нацистскими оккупационными властями. Репрессиям и арестам подвергались лишь те, кто во время войны принимал участие в организованном нацистами уничтожении мирного населения оккупированных советских земель, те, кто после освобождения Эстонии вел вооруженную борьбу против советской власти, а также их пособники. По данным эстонских историков, в целом органами МГБ и МВД ЭССР было уничтожено около 3 тысяч «лесных братьев»[745]. Возможно, эта цифра завышена, однако очевидно, что борьба с вооруженными бандами и их пособниками была более чем обоснованна.

Всего с 1944-го по 1953 г. органами внутренних дел и госбезопасности Эстонской ССР было арестовано около 26–27 тысяч человек, большая часть из которых была осуждена к заключению в лагеря и колонии ГУЛАГа. Утверждения официальной эстонской историографии о том, что арестованных было от 30 до 53 тысяч, противоречат архивным данным и являются ложными. Кроме того, в рамках борьбы с вооруженным националистическим подпольем в марте 1949 г. советскими властями была проведена массовая депортация, в ходе которой в отдаленные районы СССР на поселение было выслано около 20,5 тысячи человек. Эта достаточно жесткая операция подорвала социальную базу «лесных братьев» и способствовала прекращению развернутого ими террора против поддерживавших советскую власть эстонцев. Заявления о том, что жертвами депортации стало около 32,5 тысячи человек, не соответствуют действительности.

В отличие от периода 1941–1944 гг. смертность среди заключенных системы ГУЛАГа и спецпоселенцев находилась на низком уровне. После отбытия заключения большинство осужденных в 1944–1953 гг. эстонцев было благополучно освобождено. Освобождены были и находившиеся на спец-поселении депортированные.

Таким образом, репрессии 1944–1953 гг. затронули около 5–6% населения Эстонии, причем большая часть репрессированных впоследствии вернулась на родину. Утверждать, что в послевоенной Эстонии имел место геноцид, опять-таки невозможно, хотя общее число репрессированных, вне всякого сомнения, является весьма значительным.