16 сентября в Волгодонске грузовик, наполненный взрывчаткой, обрушил еще один жилой дом. Машину купили якобы под картошку, хозяина просили подежурить в ней, но он ушел домой и уцелел. Сообщил, что покупателями были кавказцы. Всего при терактах погибло 307 человек, 1700 было ранено, искалечено. Басаев отверг свою причастность к взрывам, но Хаттаб подтвердил, что он отныне воюет не только против российской армии, но и против мирных граждан России. Подтвердила и международная экстремистская организация «Ансар аш-Шариа», заявила, что взрывы являются «исламской местью русским за обстрелы и изнасилования гражданского населения в Чечне и Дагестане».

Следствие установило, что теракты подготовила организация «Исламский институт „Кавказ“» во главе с Хаттабом и Абу Умаром, привлекла для операций в Москве карачаевскую группу ваххабитов Гочиева. Все ее члены были установлены, большинство уничтожено, двое арестованы и осуждены, Деккушев и Крымшахмалов. Восемь участников теракта в Буйнакске попали на скамью подсудимых в полном составе. Все дали показания. Подтвердилось, что они бывали в лагере Хаттаба в Сержень-Юрте, общались с ним и арабом Абу Умаром. Было найдено место производства взрывчатки, в Урус-Мартане на фабрике удобрений. Обнаружено и фото Гочиева вместе с Хаттабом.

Правда, позже была запущена и другая версия. Сотрудник охраны Березовского Литвиненко (в 1998 г. уволенный за злоупотребления из ФСБ) и американский историк, тоже выходец из России, Фельштинский, обвинили в терактах российские спецслужбы. Выпустили в 2002 г. книгу «ФСБ взрывает Россию», доказывали, что группа Гочиева действительно существовала, но ее направляли с Лубянки и использовали «втемную». Обосновывали, что теракты требовались, дабы оправдать новую войну в Чечне и поднять рейтинг Путина. На эту версию кинулись было отечественные «правозащитники» во главе с Ковалевым, западные СМИ. Но те и другие вынуждены были признать, что она сомнительна и бездоказательна. Даже такой враг России и Путина, как Ковалев, прямо указывал: «Это чистый вымысел, и ни одной ссылки, заметьте. Так не пишутся серьезные книги, претендующие на достоверность». Ложью назвал ее и журналист либеральной «Новой газеты» В. Измайлов, производивший собственное расследование. К аналогичным выводам пришли эксперты «Би-би-си», британского журнала «Обсервер». Отмечалась явная подтасовка фактов, фальсификация. Да и откуда бы Литвиненко узнал столь «страшные тайны», если в данное время он уже не имел к ФСБ ни малейшего отношения?

Центральным «доказательством» изложенной версии представлялся инцидент в Рязани 22 сентября. Вечером жители заметили незнакомцев, переносивших в подвал жилого дома из легковой машины мешки с сахаром (а про «сахар» уже знала вся страна). На номере автомобиля обозначение региона было заклеено бумагой и от руки написано рязанское (будто напоказ). Вызвали милицию. Она обнаружила в мешке белое вещество, похожее на сахар (предположили гексоген), часовое устройство и взрыватель из охотничьего патрона. Незнакомцы уже исчезли. Местная ФСБ возбудила дело о покушении на терроризм. Но взорвать вещество из мешков на полигоне под Рязанью почему-то не получилось. А экспертиза в лабораториях МВД и ФСБ показала, что взрывчатки там вообще нет. Ну а 24 сентября директор ФСБ Патрушев заявил, что и теракта не было. Просто ФСБ проводила учения — как отреагируют рязанские органы.