Постепенно школу зачищали, пленных освобождали и выводили. Но остатки террористов прятались по школе. Укрепились во флигеле, где располагались мастерские, за железными станками. Минировали подступы к своим позициям. В 18:00 эвакуация заложников была завершена. Во избежание дальнейших потерь спецназовцев вывели из школы. Последние очаги сопротивления бандитов добивали снарядами из танка и огнеметами «Шмель». Живым взяли только одного из боевиков, Нурпаши Кулаева. Когда начался штурм, он пробовал выбраться из здания, смешавшись с заложниками, но был задержан и опознан. Остальные были убиты. Теракт унес 333 жизни. В их числе были 186 детей, 1 сотрудник МВД и 10 бойцов спецназа ФСБ. В этой операции они понесли самые большие потери за свою историю, погибли все три командира атакующих групп, подполковники Ильин и Разумовский из «Вымпела» и майор Перов из «Альфы».

В медицинские учреждения попало около 800 пострадавших, из них 72 ребенка и 69 взрослых стали инвалидами.

Разумеется, теракт вызвал массу спекуляций и провокаций: о правомочности штурма, об ошибках операции по спасению. Но многие исследователи, анализируя особенности событий в Беслане, приходили к выводу — замысел злодеяния отличался от Дубровки. Террористы фактически не пытались всерьез вести переговоры, куда более зверски относились к заложникам. Факты говорят о том, что был выбран объект с максимальным числом жертв, еще и детей, и их заведомо планировалось уничтожить. Чтобы вызвать политический резонанс, возмущение властями России. А боевики, очевидно, делились на две категории — одним предстояло умереть, другие, руководство, имели надежду вырваться в неразберихе общей бойни. «Письмо Басаева» было рассчитано на тиражирование в СМИ, а после его передачи поведение террористов резко изменилось, они стали готовиться к последнему акту. Но взрывы произошли раньше, чем намечалось, при перемонтировании схемы минирования (возможно, дежурный смертник неосторожно отпустил педаль)…

Путин и его правительство сделали серьезные выводы из трагедии. Было отправлено в отставку все руководство МВД Северной Осетии, плохо организовавшее охрану общественного порядка, из-за чего боевики смогли захватить школу. Некоторые сотрудники МВД попали под суд. Позже ушел в отставку и президент Северной Осетии Дзасохов. Усиливались меры по охране учебных заведений, скоплений людей. А для более эффективного противодействия террористическим угрозам Путин провел дальнейшие реформы по укреплению государственной власти.

Выборы региональных руководителей — губернаторов, президентов автономных республик — отменялись. Эти должностные лица становились назначаемыми. Таким образом усиливался контроль за местными властями, обеспечивалось более четкое выполнение законов, решений президента и правительства. Напомним, что и милиция после реформ Касьянова была подчинена регионам, это в немалой степени играло на руку террористам — где-то губернаторы подтягивали правоохранительные органы, а чаще пускали на самотек. Новые правила формирования региональной власти были приняты Думой и вступили в силу.