А в октябре 2002 г. Березовский дал интервью газете «Завтра». Доказывал, что оппозиция должна объединиться — либералы с коммунистами и националистами. Именно так вскоре случилось на Украине. Но идейные российские либералы были в шоке, восприняли подобную тактику как предательство. Другой сопредседатель «Либеральной России», депутат Думы Сергей Юшенков, заявил, что партия отказывается от денег Березовского, и добился его исключения из партии. Но деньги многое значили. В декабре сторонники Березовского провели альтернативный съезд «Либеральной России», восстановили его на всех постах и сместили с партийных должностей его противников — Юшенкова, Похмелкина и Золотухина. Избрали новым председателем партнера Бориса Абрамовича, Михаила Коданева.

Но министерство юстиции квалифицировало этот съезд, созванный лишь частью руководства партии и вопреки ее уставу, как незаконный. Юшенков торжествовал: «Никаких перспектив у съезда сторонников Березовского нет. Они столкнулись с Уголовным кодексом: подлог, фальсификация и подкуп». Однако 17 апреля 2003 г. Юшенкова застрелили возле собственного дома в Москве. Исполнитель оставил отпечаток пальца, его нашли. Заказчиками оказались Коданев и его трое его помощников. Товарищ по партии и друг Юшенкова Похмелкин комментировал: «Самый большой конфликт за последнее время у Юшенкова был с Березовским… Юшенков не занимался ни коммерцией, ни бизнесом, поэтому все версии, кроме политической, исключены».

А правозащитник и адвокат семьи Юшенковых Шмидт заявил: «Юшенков совершил одну серьезную ошибку — поверил Борису Березовскому, и это стоило ему жизни». Виновным был признан Коданев, его приговорили к 20 годам, его помощники тоже получили большие сроки. Мотивом преступления было представлено желание возглавить партию и распоряжаться деньгами, полученными от Березовского. Но через несколько лет, проведенных в колонии, Коданев подал заявление, что приказ на ликвидацию Юшенкова он получил от Березовского и Патаркацишвили. А взял всю вину на себя из-за того, что они обещали обеспечивать семью в период заключения — и не выполнили…

В июле 2004 г. в Москве был расстрелян из окна автомобиля американский журналист Пол Хлебников, автор разоблачительной статьи о Березовском в журнале «Форбс» и книги о нем «Крестный отец Кремля, или История разграбления России». За семь часов до смерти он дал интервью газете «Известия» о преступлениях Бориса Абрамовича. Эта же газета после убийства взяла интервью у духовника журналиста (он был православным), священника Леонида Калинина. Он сказал: «Вот Березовского Павел боялся и скрывался от него. После громкой презентации в Америке его книги „История разграбления России“ Березовский был взбешен и заявил, что это дело так не оставит. И Павел, знавший о его методах, понимал, что это не пустые слова».