22 мая, прежде чем новость о присутствии этого флота заставила Ушакова отозвать свои группы кораблей, Сорокин с четырьмя фрегатами, турецким корветом, бригом и неаполитанским корветом «Фортуна» высадил 500 человек под командованием Белли¹⁵, капитана «Счастливого», в порту Манфредония, расположенном на берегу Адриатического моря, напротив Неаполя. Уже 13 июня этот отряд вместе с неаполитанскими роялистами вошел в Неаполь, после чего французы и их республиканские союзники были вынуждены искать укрытие в трех замках. В тот же день Нельсон направился из Палермо в Неаполь, но, услышав, что Брюи снова в море, тотчас вернулся и занял позицию в районе Мареттимо, что у западной оконечности Сицилии, где его 18 линкоров могли прикрыть остров, а также путь к Мальте и Египту. Неделей позже, 21-го, он решил, что его флот будет полезнее в самом Неаполе. 24-го он прибыл туда, как раз вовремя, чтобы отвергнуть условия, данные повстанцам командирами союзников и согласованные капитаном Футом с линкора «Сихорс» – старшим британским офицером, оказавшимся на месте. В какой степени они были обмануты, представляется неясным. Они оставили свои позиции 26-го и погрузились на суда, предназначенные для их путешествия в Тулон, как и было предусмотрено. Там 28-го они стали пленными. Французы в Сант-Эльмо капитулировали 12 июля.

Примерно в это время русские возобновили операции против Анконы. Три фрегата – «Навархие Вознесение Господне» 40, «Богородица Казанская» 44 и «Сошествие Св. Духа» 44 – с двумя небольшими судами¹⁶, а также турецким корветом и фрегатом ушли с Корфу 7 июля под командованием графа Войновича, капитана первого фрегата. Они прибыли в Анкону 12 июля, но через два дня их отнесло непогодой, и они были вынуждены искать убежище на побережье Далмации. Тем временем город Фано был вновь оккупирован французами, отвоеван австрийцами 3 июля и снова взят 11-го. В последнем мероприятии французам помогали 9 канонерок из Анконы, и этого оказалось достаточно, чтобы отпугнуть австрийцев. Их команды настолько уменьшились из-за постоянных высадок на берег, что они не могли рисковать и вступать в бой, даже получив подкрепление из пяти небольших кораблей. Поттс отвел свою флотилию в Пезаро и был спасен от атаки прибытием первой части австрийской армии.

Отряд повстанцев собрался в Фермо, в 30 милях к югу от Анконы, и 19 июля подвергся нападению войск из Анконы при поддержке трех французских бригов. Появление русско-турецкой эскадры заставило французов сразу же отойти. Бриги тоже смогли уйти, хотя Войнович отправил на их перехват «Богородицу Казанскую». Обеспечив координацию действий повстанцев и его сил, Войнович оставил «Сошествие Св. Духа» и турецкий фрегат у Анконы, а сам 23-го направился в Сенигаллию и Фано. Обнаружив их в руках французов, он двинулся к Пезаро, где встретил Поттса с пятью канонерками. 25-го он высадил отряд из 430 человек, которые вместе с 200 повстанцами и несколькими австрийцами на следующий день атаковали Фано. Корабли и канонерки помогали. 28 июля французский гарнизон капитулировал.