В Анконе взаимное недоверие турок, русских, австрийцев и итальянцев сделало блокаду длиннее, чем ожидалось. В августе союзная флотилия из 20 небольших судов, включая австрийские канонерки, провела несколько ночных обстрелов, в результате которых – или, возможно, от огня береговых батарей – «Бейран» 64 затонул 16 августа на мелководье гавани. В сентябре морская составляющая блокады ослабла настолько, что небольшие французские суда нередко выходили из гавани и наносили удары по флангам осаждающих. Тем временем Войнович и австрийский командир по очереди требовали капитуляции гарнизона, всякий раз не поставив в известность друг друга и всякий раз без результата.

Наконец, в октябре, с прибытием австрийского фельдмаршала Фрёлиха и заменой Поттса л’Эспином в командовании флотилией, союзники начали действовать. К началу ноября они уже вели огонь по городу со всех направлений, и даже Войнович, который уже практически отказался от блокады, также стал действовать более энергично. Непогода 7 ноября стала причиной гибели двух лодок австрийской флотилии и заставила два турецких корабля идти в Триест на ремонт. Но конец осады был уже близок. Французский командир не желал договариваться с русскими, турками или «бандитами», но был готов обсудить капитуляцию с австрийцами и действительно сдался 13 ноября со всеми военными почестями.

После падения Анконы австрийцы стали обладателями трех линкоров – «Лахарп» 74, «Стенгель» 64 и «Бейран» 64, брига «Риволи», шхуны «Кибел» и нескольких мелких судов, а также ряда крейсерских – каперских судов и призов. Другой капер пришел в порт сразу после капитуляции и был взят. Примерно в это же время русский «Макарий» 16 из блокирующей эскадры взял французский бриг «Буонасорт» 18. Действия австрийского командира в достижении договоренности с врагом от собственного имени и в захвате кораблей в гавани были оспорены Войновичем, причем не только на словах. 15 ноября русские захватили многие корабли, которые австрийцы уже считали своими, и удерживали их до следующего дня, когда были вынуждены уйти²⁰. Вскоре после этого Войнович отбыл в Триест, где оставался в бездействии до конца года²¹.

Тем временем вторая попытка турок высадиться в Египте началась с убийства патрона-бея (контр-адмирала) на Кипре 10 октября и закончилась почти так же плохо, как и первая. На этот раз подразумевался отвлекающий маневр, чтобы убрать французов с пути вторжения по суше. Войска были высажены в Дамьетте, в устье Нила, 1 ноября, но только после трех дней беспорядочного обстрела турецкими канонерками и лодками «Тигра». В результате у французов было время собрать достаточные силы, чтобы отбить атаку, нанеся противнику немалые потери.