Обстрел двумя небольшими русскими судами, «Ахилл» и «Граф Суворов», вынудил французов 1 августа эвакуировать Сенигаллию. На следующий день в город вошли союзники, и через несколько дней Анкона была осаждена. 29 июля ее обстреляли корабли «Сошествие Св. Духа» и «Богородица Казанская», а морская блокада длилась с 23-го.

Блокада Мальты возобновилась через несколько недель. С октября 1798 года капитан Болл на «Александре» 74, как правило, в компании с «Одешиус» 74, «Голиаф» 74 и двумя или тремя небольшими судами вели наблюдение за Валеттой и по мере сил помогали повстанцам. Капитан Болл был отозван, чтобы соединиться с Нельсоном, 1 мая, 28-го отправлен назад, а 18 июня снова отозван, когда стало известно, что Брюи покинул Тулон. Несколько небольших судов остались у Мальты. 26 июня линкор «Лайон» 64 вышел из Неаполя, чтобы присоединиться к «Бон Ситойен» 18, «Эль-Корсо» 18 и португальцу «Беньямину». Пока Болл задерживался в Неаполе, но 5 июля получил приказ вести «Александра» обратно к Мальте и принять командование блокирующим флотом.

В гавани Валетты в конце 1798 года находились следующие французские корабли: «Гийом Телль» 74, «Диана» 40, «Юстис» 40, бежавшие из Абукира, а также «Атеньен» 64, «Дего» 64 и «Карфагенуаз» 36, ранее относившиеся к мальтийскому флоту. В начале февраля из Тулона прибыл старый фрегат «Будёз» с остро необходимыми припасами, но после этого, даже когда блокада была временно ослаблена, к острову смогло подойти только несколько небольших судов.

Разные враги Франции были единодушны в желании изгнать французов с Мальты, но в вопросе будущего владения островом единодушия было намного меньше. Законным претендентом мог считаться орден Святого Иоанна, который находился здесь уже более 250 лет. Однако мальтийцы не слишком радовались его возвращению и предпочитали считать короля Неаполя полноправным сувереном территории, некогда части испанских владений, из которых было образовано его королевство. Претензии рыцарей усложнялись тем, что русский царь Павел, считавшийся с 1797 года покровителем Мальтийского ордена, в ноябре 1798 года был избран великим магистром, так что возвращение ордена на остров, по сути, означало установление на Мальте власти русских.

Понятно, что британские командиры на Средиземном море стремились всячески избегать подобного результата. Один только Нельсон считал, что Мальта не имеет большого значения. Его правительство рассматривало Мальту как разумную плату за союзнические действия русских. Даже когда мальтийцы, раздосадованные очевидным бездействием неаполитанского правительства, обратились к Британии, как к более надежному покровителю, немедленной реакции не последовало. Только когда Россия по другим причинам вышла из состава коалиции, стала вероятной постоянная оккупация Мальты британцами. В любом случае Россия не сделала абсолютно ничего для захвата острова. Ее флот дошел до Мессины, а войска – до Неаполя, но ни армия, ни флот не принимали участия в операциях против французов на Мальте. На море эти операции вели британцы и португальцы, а на суше – британцы, мальтийцы и неаполитанцы.