Уже говорилось об участии Португалии в начале блокады. Действия были возобновлены 1 сентября 1799 года, когда маркиз де Низа прибыл со своей эскадрой и привез приказ Боллу от Нельсона передать ему командование на море и возглавить операции на берегу. Через несколько дней Болл действительно был назначен губернатором острова на неаполитанской службе. Но пока не было никаких войск – ни британских, ни неаполитанских, и местным повстанцам на берегу помогали только высадочные партии с британских и португальских кораблей. Поэтому серьезным ударом стало получение маркизом де Низа приказа вернуться вместе со всем флотом в Лиссабон. Нельсон 26 октября лично взял на себя отмену этого приказа, и Низа согласился – под ответственность британского адмирала – остаться на Средиземноморье еще на некоторое время.

Наконец была изыскана возможность выделить для Мальты войска – 800 человек из британского гарнизона в Мессине. Это было предложено в августе, но только в ноябре полковник Грэм в Мессине получил приказ от своего командира на Минорке о таком перемещении. 25-го Нельсон послал Трубриджа на «Каллодене» 74 с «Нортумберлендом» 74 и своим флагманом «Фудройент» 80 из Палермо в Мессину для погрузки войск. Корабли вышли в море 6 декабря и уже 10-го высадили войска в районе Сент-Полс-Бей (Сан-Пауль-иль-Бахар), на северо-западной оконечности острова. После этого уже не было острой необходимости задерживать португальцев, и 18 декабря Нельсон позволил им отплыть, а Трубридж принял командование блокирующей эскадрой.

Трудно сказать, как сильно русские были заинтересованы в овладении Мальтой, но они практически ничего не сделали, чтобы помочь ее отвоевать. После концентрации своего флота у Корфу в начале июня и отправки эскадры Войновича к Анконе 7 июля Ушаков почти месяц бездействовал. 21 июля с Черного моря прибыли два фрегата с запасами, «Поспешный» 32 и «Николай Беломорский» 20. А 5 августа они отбыли обратно с больными. 5 августа весь флот, включая турецкий, ушел в Мессину. У Корфу остались только «Св. Троица» 72, «Богоявление Господне» 72, захваченный «Леандр» и шебека «Макарий», а также, возможно, один или два турецких корабля.

14 августа флот вошел в Мессину, где обнаружилось четыре неаполитанских корабля – два линкора, фрегат и корвет. После очередного периода бездействия Ушаков разделил свой флот на три части, и все они вышли в море 30-го. Контр-адмирал Пустошкин с кораблями «Св. Михаил» 74, «Симеон и Анна» 74, призом «Экспедицион» и еще одним небольшим судном отправился в Ливорно, а потом в Геную для взаимодействия с австрийской армией на севере Италии. Сорокин на «Св. Михаиле» 48 с кораблями «Григорий Великия Армении» 50, «Св. Николай» 46 и шхуной направился в Неаполь. Сам Ушаков с кораблями «Св. Павел» 84, «Захарий и Елизавета» 74, «Св. Петр» 74, «Мария Магдалина» 68, посыльным судном «Панагия Апотуменгана» и всем турецким флотом ушел в Палермо, куда прибыл 2 сентября.