Ссора между русскими и австрийцами в Анконе была лишь одним из нескольких инцидентов, приведших к распаду второй коалиции. Самым серьезным было оставление австрийцами армии Суворова в Швейцарии. В то же самое время неудача англо-русской экспедиции в Голландию осенью 1799 года и неопределенность британских намерений относительно будущего Мальты сделали многое для ослабления дружбы царя с британцами. Он вышел из коалиции, отозвал свои войска и корабли, еще до конца следующего года присоединился к Дании и Швеции во втором «вооруженном нейтралитете» и оказался, в сущности, в состоянии войны с бывшими союзниками.

В последний день 1799 года, до поступления новых приказов царя, Ушаков отправился из Неаполя к Мальте, имея 7 линкоров, 3 небольших судна и 6 транспортов, на борту которых было 2 тысячи солдат. Он с большим опозданием решил все же принять участие в осаде и блокаде Мальты. Но он дошел не дальше Мессины, где 5 января получил приказ возвращаться на Черное море со всем флотом. После короткого визита в Неаполь он 19 января 1800 года зашел на Корфу. Пустошкин ушел из Генуи к Специи в конце ноября, а в начале перешел в Ливорно. Оттуда его призвали на Корфу к Ушакову. Войнович, у которого был один корабль в Анконе и два в Триесте, как будет ясно, не подчинился. Три фрегата Сорокина остались в Неаполе по просьбе правительства. Ушаков ушел с Корфу 1 июля и прибыл в Севастополь в середине октября.

Как раз когда Ушаков начинал вывод своего флота, лорд Кейт, командующий британским средиземноморским флотом, вернулся на свое место, где Нельсон в течение нескольких месяцев отвечал за все. Первоначальным намерением Кейта была блокада Генуи, но, узнав от Нельсона, с которым он встретился в Ливорно в январе, что нет надежды на помощь русских на Мальте, и также услышав, что французы готовят экспедицию на выручку своей армии в Египте, он решил первым делом отправиться на Мальту. Уже 15 февраля он подошел к Мальте, имея в своем распоряжении корабли «Куин Шарлотта» 100, «Фудройент» 80 (Нельсон), «Одешиус» 74, «Нортумберленд» 74, «Александр» 74, «Лайон» 64, неаполитанский фрегат «Сирена» и несколько малых судов. Он еще не успел осмотреться, как с корабля «Саксесс» 32 поступила информация, что французские корабли рядом.

Французская дивизия под командованием контр-адмирала Перре состояла из кораблей «Женерё» 74, «Бадин» 28, «Фоветт» 20, «Сан Парейль» 20 и транспорта для запасов «Вилла де Марсель». Она должна была доставить остро необходимые припасы для гарнизона Валетты. Она вышла из Тулона 26 января, но была вынуждена почти сразу вернуться из-за потери фор-стеньги «Женерё» и снова вышла в море только 6 февраля.