Более крупные силы вышли на выручку из Бреста 7 января, но почти сразу были замечены британскими кораблями и вернулись. Вторично они вышли в море 23-го и сумели уйти незамеченными. В эту группу кораблей входили следующие: «Индивизибль», «Индомптабль», «Формидабль» – 80-пушечники, «Жан Барт», «Конститьюшн», «Десэ», «Диз От» – 74-пушечники, «Креол» 40, «Бравур» 36 и люггер «Вотур». Ею командовал контр-адмирал Гантом. 9 февраля корабли прошли Гибралтар. Местом назначения якобы была Вест-Индия, и была отправлена эскадра на перехват, но ситуация сложилась так, что преследование было организовано от Кадиса кораблями под командованием контр-адмирала сэра Джона Уоррена: «Гибралтар» 80, «Реноун» 74 (флагман), «Дрэгон» 74, «Женерё» 74 и «Гектор» 74, а также «Гарлем» 64 (с частичным вооружением) и рядом фрегатов и шлюпов. Возможно, это были «Помона» 40, «Феникс» 36, «Перл» 32, «Меркурий» 26, «Саламин» 18 и «Пеликан» 18. Уоррен достиг Гибралтара через день после того, как через него прошел Гантом, но вместо того, чтобы немедленно продолжить преследование, задержался там до 13-го и потом направился к Минорке, куда прибыл 20-го. Тем временем Гантом захватил «Саксесс» 32, который вышел из Гибралтара, чтобы предупредить Кейта о приближении французов, и узнал, что Кейт находится впереди него, а Уоррен – позади. Он сразу отказался от идеи продолжить путь на восток и взял обратный курс на Тулон, куда прибыл 18-го.
Месяцем позже (19 марта) он снова вышел в море, имея приказ, если возможно, дойти до Александрии, но, если не получится, высадить войска в любом месте к востоку от Триполи. Уоррен тем временем 4 марта покинул Минорку, оставив там «Женерё» и «Саламин», и дошел до Сицилии, во-первых, чтобы разведать ситуацию, создавшуюся в результате прекращения неаполитанского сопротивления французам, а во-вторых, чтобы забрать два корабля, «Александр» 74 и «Атеньен» 64 с Мальты. Пополнив свой флот, он возвращался в направлении Тулона и 25 марта заметил флот Гантома у Сардинии, но не смог его догнать, и в темноте зрительный контакт был утрачен. Гантом вернулся в Тулон 5 апреля, а Уоррен повел свой флот в восточном направлении и 20 апреля присоединился к Кейту у Александрии.
Высадка в Абукирском заливе была задержана непогодой, но в конце концов успешно выполнена 8 марта. Через десять дней Абукирский замок сдался, а 21-го французы потерпели поражение, попытавшись сбросить высадившиеся войска в море. В этом сражении был смертельно ранен Эберкромби.
Теперь к британцам начала прибывать турецкая поддержка. Капудан-бей (адмирал) прибыл 18 марта с двумя 74-пушечниками, четырьмя или пятью фрегатами или корветами и мелкими судами. За ним 26-го последовал капудан-паша (командующий флотом) на линкоре «Селимие» 11025, еще двумя линкорами, тремя фрегатами или корветами и 5 тысячами солдат. Уже на следующий день прибыл еще и патрон-бей (вице-адмирал) на очередном линкоре. В начале апреля турецкие войска высадились на берег. Теперь операции велись повсеместно, вплоть до низовьев Нила, где армию поддерживали британские и турецкие канонерки. После затопления дна бывшего озера Мареотис (Марьют) французы в Александрии оказались изолированными. 27 июня гарнизон Каира сдался, и только Александрия осталась в руках французов.