Еще до рассвета французский корабль лишился грот-стеньги и крюйс-стеньги. Это позволило «Лайону» догнать его с подветренной стороны и пройти круто к ветру поперек его курса, снеся утлегарь. «Лайон» на время вышел из строя и отстал, но в шесть часов «Фудройент» смог занять его место, только на этот раз справа по борту. «Фудройент» тоже получил повреждения такелажа, но прежде, чем он отстал, ему удалось сбить грот и бизань на «Гийоме Телле». «Лайон» снова занял позицию и около восьми часов удачным выстрелом сбил последнюю уцелевшую мачту французского корабля. Тот еще некоторое время держался – с «Лайоном» с одной стороны, «Фудройентом» – с другой и «Пенелопой» поперек курса, но в 8.20 сдался. Почти сразу после этого на «Фудройенте» рухнула бизань.

«Гийом Телль» оказал упорное сопротивление превосходящим силам противника и нанес им существенные повреждения. Потери «Фудройента» составили 69 человек убитыми и ранеными, «Лайона» – 46, «Пенелопы» – 4. Потери французов составили около 200 человек из 1000, находившихся на борту, включая пассажиров.

Будет удобнее закончить рассказ об осаде Мальты прежде, чем перейти к другим событиям. Хотя считалось, что июнь – крайний срок, до которого могла продержаться оборона без помощи, фактически капитуляция имела место в сентябре. В гавани все еще стояли два корабля, уцелевшие после битвы на Ниле, – 40-пушечные фрегаты «Диана» и «Юстис». Именно они были посланы поздним вечером 24 августа на прорыв блокады. За ними сразу же последовали «Женерё» 74, «Нортумберленд» 74²³ и «Саксесс» 36. «Диану» довольно быстро догнал «Саксесс», но «Юстис» оказался быстрее и со временем прибыл в Тулон.

Спустя десять дней французский командир генерал Вабуа был вынужден признать, что больше ничего нельзя сделать. 4 сентября он запросил условия перемирия, и уже на следующий день крепость официально капитулировала. Британцы получили три бывших мальтийских корабля, «Атеньен» (бывший «С. Джованни») 64, «Дего» (бывший «С. Заккария») 64 и «Карфагенуаз» (бывший «С. Элизабетта») 36. «Атеньен» был взят в Королевский флот, но два других корабля находились в слишком плохом состоянии, чтобы их ремонтировать.

В Египте положение французов хотя и не было отчаянным, но все же не могло считаться удовлетворительным. Клебер, преемник Бонапарта в командовании армией, с радостью согласился на конвенцию, заключенную в Эль-Арише 24 января 1800 года. В соответствии с этой конвенцией турки, с согласия сэра Сиднея Смита, позволили французам покинуть страну с оружием и имуществом и обеспечили для них транспорт, при условии, что они больше не станут воевать против Турции или Британии в той войне. Такое соглашение было тотчас отвергнуто приказом Адмиралтейства от 15 декабря, адресованным Кейту, и письмами Кейта от 8 января в адрес Смита и Клебера, настаивающими на том, что французы должны покинуть Египет только в качестве военнопленных. К сожалению, все эти письма были получены уже после заключения соглашения.