Узнав, что им не позволят покинуть Египет, французы предприняли наступление и в марте нанесли большое поражение туркам. Они также захватили турецкие суда, посланные в Александрию для их перевозки. Тем временем британское правительство пересмотрело вопрос и отправило письмо своему послу в Константинополе, чтобы объявить о своем намерении придерживаться конвенции, хотя и продолжало настаивать, что ее не следовало заключать. На этот раз французы отказались от переговоров. В июне был убит Клебер, но это не изменило ситуации. Французы остались в Египте, а британские корабли продолжили блокаду, насколько это было возможно, учитывая их малочисленность.

Несмотря на приказы Ушакова и его собственные плохие отношения с австрийцами, Войнович остался на Адриатическом море – в Триесте, или в Анконе. В конце марта 1800 года он находился в Анконе с тремя русскими фрегатами и двумя турецкими, снова требуя, чтобы русский флаг был поднят вместе с австрийским. В мае после столкновения между турецкими моряками и австрийскими солдатами два турецких корабля ушли в Константинополь, а Войнович оставался в том, что теперь могло считаться австрийскими водами, до августа, и в конце июля перевез королеву Неаполя и ее свиту, включая Нельсона и Гамильтонов, из Анконы в Триест. Для выполнения этой миссии предназначался австрийский фрегат «Беллона», но его удобства были признаны недостаточными, и ему пришлось довольствоваться ролью эскорта. После этого Войнович совершил короткий заход в Анкону и, проведя несколько дней в Кастельнуово – в Далмации, – в конце сентября отправился на Корфу на зиму, не делая никаких попыток вернуться в Россию, как было приказано. В начале 1801 года он был уволен со службы.

Во время его последнего появления в Анконе австрийцы уже готовились покинуть крепость. Три бывших венецианских линкора «Лахарп», «Стенгель» и «Бейран» покинули Венецию в начале сентября, а все малые суда последовали за ними в январе 1801 года. Этот шаг был обусловлен драматическими изменениями ситуации в Италии. Весной 1800 года французы продолжали удерживать Геную, но почти ничего больше, и этот город, осажденный австрийцами и блокированный британцами, 4 июня был вынужден сдаться. Двумя днями раньше Бонапарт, после его известного перехода через Альпы, вошел в Милан, и 14 июня битва при Маренго снова сделала его хозяином Северной Италии. Согласно перемирию, заключенному на следующий день, все, расположенное к западу от реки Минчо, переходило под контроль французов, а австрийцы должны были вывести войска из Тосканы и Анконы. Возобновление противостояния следующей зимой лишь привело к дальнейшим успехам французов. Только Люневильский мир, заключенный в феврале 1801 года, подтвердил условия Кампоформийского договора и оставил под французами почти всю Италию, хотя Венеция все еще была австрийской.