Заявления Кейта и Нельсона относительно принятых мер весьма противоречивы. Кейт пишет, что он «направил «Фудройент», «Одешиус» и «Нортумберленд» в преследование с наветренной стороны» и повел корабли «Куин Шарлотта», «Фаэтон» 38 (недавно прибывший), «Сирена» и «Минорка» 16 ближе к Валетте. Нельсон утверждает, что во время непогоды утратил контакт с Кейтом и по собственной инициативе направился к Варварскому берегу, причем к нему присоединились корабли, «случайно встретившиеся» с ним. Возможно, объяснение заключается в том, что сигналы Кейта, как он и опасался, не были приняты и суждения Нельсона совпали с его собственными.

В любом случае французские корабли были замечены рано утром 18-го с линкора «Александр», который, как упоминает Кейт, крейсировал на северо-восточной стороне Мальты. Этот линкор вскоре догнал и захватил транспорт с припасами и вынудил «Женерё» уйти на восток с попутным ветром с вест-зюйд-веста, чтобы избежать сражения, хотя три небольших военных корабля смогли повернуть на другой галс и спастись. Какое-то время казалось, что «Женерё» сумеет уйти, однако около трех часов пополудни «Саксесс» перехватил его и задержал на достаточно долгое время, чтобы дать возможность кораблям «Фудройент» и «Нортумберленд» приблизиться. Перре был смертельно ранен огнем с «Саксесса», и, когда «Фудройент» открыл огонь, а «Нортумберленд» был на подходе, французский корабль сделал единственный бортовой залп и сдался. На фрегате «Саксесс» 1 человек погиб и 7 получили ранения.

Неудачная попытка освобождения вынудила гарнизон Валетты избавиться от лишних ртов и послать своих авторитетных представителей во Францию, чтобы указать на чрезвычайную серьезность положения. Было решено, что контр-адмирал Декре попытается прорвать блокаду на корабле «Гийом Телль» 80 – самом крупном корабле, находящемся в гавани. Пока велись приготовления к этой вылазке, в блокирующей эскадре произошли изменения. Кейт 26 февраля отбыл в Ливорно²², оставив вместо себя Нельсона, а тот, в свою очередь, 10 марта убыл в Палермо, оставив старшим офицером Трубриджа на «Каллодене». «Фудройент» вернулся как раз вовремя, чтобы принять заметное участие в последовавшем сражении, но Нельсона на борту не было.

Около одиннадцати часов дня 29 марта «Гийом Телль» вышел в море. В это время три британских корабля стояли на якоре в Марсашлокке, что на юго-восточной оконечности острова, но немалые силы оставались и в районе Валетты: «Фудройент» 80, «Александр» 74, «Лайон» 64 (капитан Диксон, старший офицер), «Пенелопа» 36 и еще несколько небольших судов. С «Пенелопы» заметили французский корабль незадолго до полуночи, и вскоре начался бой. Ветер был юго-восточный, и французский корабль шел на северо-восток.