Больше подобных скандальных посещений в Манеже не случалось, хотя выставок впоследствии здесь прошло немало. Представить свои работы в огромном выставочном зале на персональной выставке считалось для художников весьма престижным.

С 1998 года обсуждался вопрос о необходимости реконструкции здания Манежа. Проект реконструкции был разработан мастерской № 14 «Моспроекта-2». Он предусматривал существенное расширение экспозиционных площадей, насыщение Манежа современной выставочной техникой и инфраструктурой. Отдельным пунктом программы шла реставрация знаменитых ферм: архитекторы придумали изящную, с инженерной точки зрения, систему дублирующих металлических конструкций, которые должны были нести кровлю и поддерживать исторические стропила. Камнем преткновения стало подземное пространство Манежа, которое любой инвестор всегда стремится использовать на полную катушку. Казалось бы, статус федерального памятника истории и культуры полностью исключал какие бы то ни было «подкопы» под здание. Позиция искусствоведов сводилась к тому, что строительство новых этажей, пусть даже таких, которые не видно с поверхности земли, грубо искажает исторический облик здания, противоречит его устойчивости и назначению.

У сторонников заглубления были свои аргументы. Они полагали, что разумное использование «подманежного пространства» вполне возможно без ущерба для памятника. Если, конечно, заглубляться не ниже исторических фундаментов, а подземные этажи воздвигать с солидным отступом вовнутрь от линии периметра стен исторического здания. На первом подземном этаже архитекторы планировали разместить технические помещения, склады, гардеробы, туалеты и часть экспозиционных площадей. Второй подземный этаж должен был стать автостоянкой. Самым смелым и спорным моментом являлось предложение связать подземное пространство Манежа переходом с соседним торговым комплексом на Манежной площади. Рассудить инвесторов и искусствоведов должно было, по уже сложившейся традиции, Министерство культуры РФ.

Но пожар, случившийся 14 марта 2004 года, нарушил все планы. Очаг возгорания возник в верхней части здания. Пожар начался около десяти часов вечера. Но вскоре заполыхало все. Зрелище было впечатляющим и ужасным одновременно. Пламя достигало такой высоты, что было видно из многих концов города. Огонь распространялся настолько быстро, что вскоре уже вся крыша была охвачена пожаром. Через несколько часов кровля здания обрушилась, погребя под собой двух пожарных. По мнению специалистов, такое быстрое распространение огня вряд ли было бы возможно, если бы не сама структура перекрытий здания, состоящих целиком из дерева.