Для археологов находка монеты стала предвестником дальнейших открытий. В этом же раскопе удалось найти уникальный меч, который впоследствии был признан одной из лучших находок. Его происхождение археологи связали с 1382 годом, скорее всего, он применялся в качестве боевого оружия во время нашествия Тохтамыша на Москву. Возраст меча удалось определить по его атрибутам, а также по кирпичу и металлу, находившимся рядом с ним. Споры возникли и по поводу места его изготовления: было ли это на Рейне или на Москве-реке. В этом же самом слое исследователям удалось обнаружить множество небольших изделий из керамики, разноцветных изразцов, перемычек, применявшихся в русских печах, предметов из глины и других материалов.

Одним из главных достижений археологов, работавших под Манежем, было то, что им удалось приблизительно квалифицировать свои находки по эпохам, которым они принадлежали. Так, приметами конца XVI - начала XVII столетия стали предметы, свидетельствующие о плотной застройке, проводившейся на территории современного Манежа, остатки Тверской дороги, одна часть которой была выложена из бревен, другая -вымощена камнями. К сожалению, о первой половине XVI века исследователям не удалось получить новых сведений. После крупного пожара в 1493 году территория Манежа долго пустовала: Иван III в противопожарных целях и в целях обороны запретил застраивать злосчастное место на 110 сажен вокруг.

Но это было не единственное разочарование, которое поджидало ученых. Предполагалось, что возле Кутафьей башни приблизительно в XV веке был построен храм в честь святого Симеона. Рядом с ним располагался погост, который простирался и на территории современного Манежа. Однако во время раскопок археологи не обнаружили его следов. «Вместо этого нас ожидал другой сюрприз, - поделился своими впечатлениями тогдашний главный археолог Москвы А. Векслер, - мы нашли самое раннее кладбище, основанное за пределами Кремля. Это действительно была неожиданная находка, которая дает право предполагать, что на этом месте могла быть и древняя церковь, не известная нам по историческим документам (поскольку погосты обычно располагались возле церкви). Возможно, теперь удастся найти доказательства ее существования».

Всего под Манежем было найдено 40 захоронений разной сохранности. Среди них - тело девушки, жившей примерно в XII-XIII веках. Археологи считают эту находку особенно ценной, поскольку характерные украшения молодой женщины (браслеты на руках и височные кольца) позволяют установить, что она была городской жительницей. Находки, которые археологи относят к XII-XIII векам, были обнаружены на глубине примерно 7,5 метра. Через год с небольшим после пожара, 18 апреля 2005 года, Манеж был вновь открыт для посещения и обозрения. А первой выставкой восстановленного Манежа стала выставка работ школы акварели Сергея Андрияки, что само по себе выглядело очень символично, так как именно эта экспозиция должна была открыться на следующий день после пожара в марте 2004 года.