На первом этапе реформы, который продолжался до 1705 г., все административное управление патриаршими, архиерейскими и монастырскими вотчинами и их населением перешло в руки Монастырского приказа и его представителей на местах. Кроме того, приказ получил право сбора с церковных имений всех вотчинных доходов и полного распоряжения ими. Одна часть этих доходов расходовалась приказом на содержание духовенства, а другая передавалась в казну. Без разрешения царя и Монастырского приказа духовенство, даже в лице его высших иерархов — митрополитов, епископов и настоятелей монастырей, не имело права расходовать никаких денежных сумм. Стефан Яворский, ставший в декабре 1700 г., после смерти патриарха Адриана, местоблюстителем патриаршего престола, вообще был отстранен от управления патриаршими вотчинами. Все это позволяет сказать, что церковь в это время потеряла свои земельные вотчины и они перешли в руки государства, или, другими словами, была произведена фактически полная секуляризация церковных земельных владений. Юридически они еще принадлежали духовенству, так как закона об отнятии у него права владеть землями и крестьянами не было, но фактически ими распоряжалось уже государство.

В 1702–1704 гг. по различным указам около 1800 дворов церковных крестьян и значительное количество ненаселенных земель было роздано разным лицам в «вечное владение», продано, сдано на оброк и приписано к государственным ведомствам. Все оброчные владения духовенства (рыбные ловли, мельницы, мосты, перевозы и т. п.) в 1704 г. были отобраны у церкви в казну, что принесло ей доход в размере, примерно, 54 000 руб. в год.

Реформа затронула и внутренний быт духовенства, особенно черного. Резко ограничивался переход монахов из одного монастыря в другой, он допускался в исключительных случаях. Эта мера была направлена против широко распространенных в то время переходов и бродяжничества монахов и преследовала цель сделать численность монашествующих в монастырях более постоянной, чтобы легче было управлять ими. Монахам запрещалось писать в кельях, а поэтому и держать здесь бумагу и чернила; отныне писать они могли только в специально отведенном месте в трапезной и лишь в случае особой необходимости, непременно с разрешения начальника, и писать «явно, а не тайно». Данное распоряжение вызывалось подозрениями, что именно монахи являются сочинителями и распространителями разного рода антиправительственных и антипетровских подметных писем, и было направлено на пресечение такой деятельности. Из монастырей высылались все жившие там мирские люди — дьячки, чтецы, певцы, переписчики, а их обязанности возлагались на монахов, чем достигалась экономия в монастырских расходах.