Другими учреждениями, на которых больше, чем когда-либо раньше, сказалось влияние нового государства, были школа и церковь. Реформы в области школьного дела принадлежат к лучшим реформам Марии Терезии. При ней впервые в истории Австрии — раньше, чем в большинстве других государств Европы, — школам были предоставлены крупные государственные дотации, была организована подготовка учителей и составлены учебные программы. Не было всеобщего обязательного обучения, но впервые была создана широкая сеть народных школ, бесплатных и общедоступных. В этой области сильнее всего чувствуется влияние обоих специалистов по культурным вопросам из числа советников Марии Терезии — Зонненфельса и Ван-Свитена, которые вместе с Иосифом II были самыми «левыми» среди лиц, ее окружавших. Наряду с народными школами были созданы профессиональные школы для подготовки рабочих различных специальностей, например текстильщиков; эти школы не только были бесплатными, но выплачивали даже определенную сумму родителям, чтобы они могли посылать детей в школу.

В период между 1750 и 1770 гг. открылся целый ряд специальных учебных заведений, в том числе горная академия, технические училища, сельскохозяйственные школы, торговая академия и несколько педагогических училищ, среди которых женское педагогическое училище было тогда единственным в Европе. Австрийская школьная система в это время считалась образцовой.

Реформа Венского университета была делом рук Ван-Свитена. Этот наиболее прогрессивный министр Марии Терезии получил возможность создать тип учебного заведения, отвечавший требованиям своего времени. Венским университетом до этого в течение долгого времени руководили иезуиты. Орден иезуитов, главным образом под давлением правительств Испании и Франции, был упразднен папой в 1773 г., и Венский университет перешел в ведение государства. Ван-Свитен создал из него новое учебное заведение, в котором впервые было обращено внимание на изучение естественно-исторических наук, тогда как в учебных заведениях, находившихся в ведении церкви, главными предметами были теология, философия, право, латинский и греческий языки; даже изучение такой науки, как медицина, строилось главным образом на абстрактно-философских заключениях, а не на эксперименте и анализе.

Ван-Свитен начал с реформы медицинского образования. В программу обучения включены были химия, ботаника и хирургия. Анатомии было уделено значительно больше места, чем раньше, и студентам вменялось в обязанность вскрытие трупов и прохождение практических занятий в госпиталях. В 1752 г. были реорганизованы философский и теологический факультеты. На философском факультете стали изучать физику, философию, естественную историю и этику; теологический факультет также должен был обучать «научному мышлению». В курс юридических наук с 1753 г. было включено естественное право — теория права реформаторов, в которой впервые говорилось о правах человека вообще и обязанностях суверена по отношению к народу.