Одновременно с университетом от церкви отошли и многие гимназии. Тем же учебным заведениям, которые оставались в ведении церкви, пришлось принять учебный план, установленный государством. Этот план был построен в соответствии с теми же принципами, что и университетский. Целью обучения, по мнению Ван-Свитена и других приверженцев школьной реформы, было не просто передавать «чистое» знание, не связанное с потребностями современного общества, а посредством научно поставленного обучения подготовить людей, которые смогут помочь развитию экономики государства и, как говорили реформаторы, «человеческому обществу вообще». Перед гимназиями и университетами ставилась задача подготовить хороших инициативных чиновников, учителей и врачей, которые могли бы своей работой способствовать «благополучию населения» и превратить государство в «идеальный» орган, обеспечивающий это благополучие. Естественникам и специалистам по техническим отраслям знаний, а также окончившим торговую академию давалась возможность, как выразился однажды Хёрнигк, «развивать ресурсы страны», с тем чтобы превратить ее в богатый, цветущий и в процессе своей работы применяющий новейшие достижения науки и техники коллектив. При этом если Мария Терезия руководствовалась главным образом задачей укрепления и обеспечения интересов династии, то Ван-Свитен, Зонненфельс и также Иосиф II — действовали под влиянием гуманистов. Форма абсолютистского государства казалась им наиболее подходящей для этого, но не как самоцель и не на все времена.

По поводу этих принципиальных изменений в обучении тогда же, а затем и при Иосифе II велись дискуссии, острая полемика, вызвавшая целый поток брошюр и книг. Реформаторов упрекали — нападки шли особенно со стороны церкви — в том, что они ограничивают мышление, принижают своим «утилитаризмом» чистую науку и превращают ее в «служанку государства», предсказывали, что вскоре заглохнет духовная жизнь и приостановится развитие наук и в Австрии.

В действительности произошло обратное. Австрия, считавшаяся в области науки и искусства в Европе второразрядной державой, быстро выдвинулась по уровню культуры в первый ряд. Реформированный Ван-Свитеном медицинский факультет вскоре дал стране ученых с мировыми именами. Таковы, например, Ауэнбруггер, открывший перкуссию (выстукивание и выслушивание больного) и, позднее, Земмельвейс, врач, впервые применивший асептику; далее идут Гебра, Шкода, Рокитанский и другие основатели и представители знаменитой венской медицинской школы. Хотя другие естественные науки не достигли такого подъема, как медицина, однако и здесь имел место серьезный прогресс; имелись крупные достижения в области химии, физики и ботаники. Успехи Австрии в области техники в начале XIX в. — например, изобретение пароходного винта Ресселем, изобретение швейной и пишущей машин, спичек и др. восходят к эпохе Ван-Свитена, так как великие ученые и изобретатели первой трети XIX в. научились работать и мыслить именно в новых школах и университетах Ван-Свитена. «Утилитаризм» реформаторов, вопреки предсказаниям их противников, нисколько не помешал и развитию наук, не являвшихся прикладными, таких, как археология, филология, история и др.