Но о госпитале надо сказать отдельное слово – он всю войну продолжал работать. Так, за первые шесть первых месяцев войны в Морской госпиталь поступило 6500 раненых, а в 1942-м к ним прибавилось около 2000 больных дистрофией. Всего за время войны через Морской госпиталь прошло около 39 000 раненых и больных, и 94 % из них медики вернули в строй. 17 июля 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР Кронштадтский госпиталь награжден орденом Ленина «За образцовое выполнение заданий командования в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и отвагу».
На территории Морского порта разорвались 16 бомб, частично разрушив механический цех с восточной стороны, при этом погибли семь человек, ранено 18. Большие разрушения причинили бомбы Артиллерийскому ремонтному заводу. Полностью были уничтожены мастерские телемеханики, гидроакустики, радиоаппаратуры, приборов управления артиллерийским огнем. Погибли семь человек, ранено двое. Кроме того, в городе и в гавани повреждены нефтебаки и склады; разрушены и сильно пострадали шесть жилых домов. В нескольких местах оказалась перебита главная магистраль водопровода и повреждена городская электросеть. В городе погибло 18 человек и ранено 28, а сбили, согласно отчету ПВО, всего семь германских самолетов, что не подтверждается немецкими данными.
На следующий день, 22 сентября, налеты продолжились. При первом сильно пострадали сторожевой корабль «Вихрь» и эсминец «Сильный». Несколько бомб попало в док «Трех эсминцев», при этом сильные повреждения получили и сам док, и стоявший в нем эсминец «Грозящий». Второй налет помогли отразить девять советских истребителей, и самолеты улетели ни с чем.
Самое страшное случилось 23 сентября. В результате атаки двух пикировщиков, сбросивших бомбы не с высоты 1500 метров, как обычно, а с 300 метров, линейный корабль «Марат» был практически уничтожен. Одна из бомб, угодив в корму у фок-мачты, вызвала детонацию боезапаса первой башни главного калибра, а в ней, как известно, располагались три 305-мм орудия.
Машинист-турбинист линкора «Марат» А.М. Морозов вспоминал: «23 сентября 1941 года корабль стоял у стенки Усть-Рогатки по готовности № 1. Личный состав левого холодильного отделения находился на боевом посту. Около 10 часов утра были сыграны боевая и воздушная тревоги. Зенитки стреляли, главный калибр молчал. Вдруг на нашем посту мы почувствовали легкое содрогание, а затем резкий дифферент на нос и крен на правый борт. В холодильном отделении наступила мертвая тишина и непроглядная тьма (погас свет). Мы зажгли свечи и фонарики. Телефон в среднюю машину молчит.