Осенью 1912 года Дарья Смирнова оказалась в тюрьме. Когда полиция стала расследовать деятельность ее секты, то сделала весьма сенсационные находки. Обыск в доме «охтинской богородицы» в Лесном на Песочной улице раскрыл существование катакомб сектантов. Выяснилось, что Смирнова, чтобы скрыть приезжавших к ней из провинции сообщников, устроила для них комнаты под землей. Судебный следователь наткнулся на подземный ход совершенно случайно, когда осматривал сараи во дворе.

Спустившись в загадочный подвал, он обнаружил подземное жилище, разгороженное на комнаты. Оно освещалось скрытым сверху окном, замаскированным постройкой соседнего сарая. Из этих катакомб потайная лестница вела в верхнее помещение дома, где совершались моления сектантов. Большинство из них даже не догадывались о существовании подземных жилищ: лжебогородица посвятила в эту тайну лишь немногих приближенных. Потайная лестница имела также выход на веранду квартиры Дарьи Смирновой – по ней и скрывались во время полицейских облав все подозрительные сектанты, жившие в Петербурге без прописки…

Оказавшись в тюрьме, Дарья Смирнова заявляла, что ее арестовали «по навету врагов», говорила, что она больная женщина и пребывание в тюрьме грозит ей смертью. Подобные же жалобы на имя судебного следователя подали также и другие оказавшиеся в тюрьме «охтинские святые» – «апостол» Денис Шеметов и сын Дарьи Смирновой – сектантский «царь Соломон». Однако петербургская судебная палата отклонила эти жалобы и просьбу арестованных об освобождении под залог или на поруки.

Возле окружного суда на Литейном проспекте, куда «охтинскую богородицу» доставляли из женской тюрьмы для общения с судебными следователями и для свидания с родными, поклонники Дарьи Смирновой устраивали настоящие демонстрации. В эти дни толпы сектантов дежурили у ворот окружного суда. Каждое ее появление они сопровождали возгласами: «Дорогая матушка, умрем за тебя!», «Наша родная, не выдадим тебя… благослови… спаси нас». При любом удобном случае они обступали пролетку с арестованной, некоторые фанатики забегали вперед, сбрасывали с себя верхнюю одежду и устилали путь «охтинской богородицы».

Доходило до того, что толпа поклонников Дарьи Смирновой выстраивалась в следственном коридоре окружного суда. Они громко кричали, выражая свое возмущение арестом «святых». Когда стражники выводили «матушку», сектанты обступали ее, клялись в верности и просили благословения и советов. С большим трудом сторожам и конвойным солдатам удавалось отогнать сектантов от «богородицы».