Все эти силы способствовали тому, что внутри Русской православной церкви на протяжении XVII века наблюдалось небывалое брожение, затронувшее как духовную, так и институциональную сферу. В результате около 1640 года в Кремле образовался круг духовных и светских лиц, известных как «ревнители благочестия». Внутри него в целом можно выделить две группы в соответствии с тем, какие задачи считались важнейшими (хотя это деление во многом условно). Первая группа была озабочена в основном нравственностью и религиозной жизнью мирян, о которой много говорили ученые приходские священники и пламенные проповедники (Аввакум, Иван Неронов, Даниил, Логгин). Они призывали внести изменения в литургию – например, включить в нее проповеди для наставления верующих, положить конец сокращению длинных служб (например, с помощью многогласия, из-за которого все становилось неразличимым). В отношении проповедей они добились своего, но прошло еще два века, прежде чем проповеди стали обычной практикой в церквях. Как и участники Стоглавого собора, они ополчались на народные верования и языческие обряды, скоморохов, пьянство, табакокурение и прочие прегрешения против нравственности, в чем заручились поддержкой Алексея Михайловича (указы 1640-х годов, направленные против скоморохов и посягательств на нравственность).

Если первую группу заботило улучшение нравственности, то вторая – самыми видными фигурами в ней были Алексей Михайлович, его близкий соратник Федор Ртищев, царский духовник Стефан Вонифатьев и отличавшийся космополитичными взглядами новгородский митрополит Никон – сосредоточилась на подготовке русского православия к обретению им законного первенства среди восточных церквей (в 1685 году Киевская митрополия стала подчиняться не Константинополю, а Москве). Контролируя возрожденный Печатный двор, они вернулись к главной проблеме, поставленной Стоглавым собором – необходимости устранить расхождения в богослужебных книгах. Перед ними стояла трудная задача: определить, какие тексты являются подлинными, с учетом того, что традиция насчитывала уже много веков. Все они прислушивались в первую очередь к грекоязычным советникам и патриархам, настойчиво предлагавшим взять за образец книги, имевшие хождение среди греческой диаспоры – зачастую напечатанные в Венеции и носившие следы посттридентского католицизма. Тексты, которые выпускали московские издатели, пользуясь этими источниками, часто противоречили постановлениям собора 1551 года, фактически отвергнутым Церковью в 1660-х годах.

В 1652 году Никон стал патриархом и энергично взялся за исправление богослужебных текстов. В 1653 году он выпустил обновленный «Номоканон», а в последующие годы – ряд других книг: Псалтырь, Часослов, Новый Завет, Деяния апостолов и так далее. Вместе с множеством указов это влекло за собой перемены в текстах и ритуалах, которые меняли если не православное вероучение, то богослужение – исподволь, но весьма существенно. Назовем некоторые из них: трехперстное знамение, греческий четырехконечный крест (вместо традиционного восьмиконечного), другое количество поклонов на великопостных службах, новое написание имени Христа (Иисус вместо Исус) и небольшие, но важные изменения в Никейском символе веры. Жесткий и честолюбивый Никон разослал новые книги во все приходы, соборы и монастыри, велев служить по ним под угрозой быть обвиненным в ереси (согласно указу 1656 года). Он не позаботился о том, чтобы подготовить почву для этого или объяснить отдаленным обителям и приходам логику изменений.