Проводя в жизнь эти реформы, православная церковь следовала сложившейся традиции, а цели этих мероприятий ставились церковными соборами с 1551 года. Но этот процесс имел параллели в католичестве и протестантизме, где с XVI века обозначился поворот к большей нравственной строгости, что было известно некоторым русским реформаторам. Новые книги Никона и стремление церкви контролировать нравственность мирян представляли собой ту же разновидность конфессионализации, которую осуществляли протестантские секты и католицизм в ходе Контрреформации. Конфессионализация подразумевает усилия институционализированной церкви, направленные на закрепление церковных догм в катехизисах и библейских текстах, переведенных на местные языки, наставление паствы в том, что касается вероучения и ритуалов, ужесточение контроля над нравственностью верующих и их приверженностью данному вероисповеданию. Однако в России этот процесс шел не так успешно, как внутри католичества, лютеранства и кальвинизма, по причине нехватки ресурсов. Новые книги Никона распространялись принудительно, но миряне почти не были вовлечены в реформу. Ее творцы даже не попытались внедрить основные элементы европейской конфессионализации: основание семинарий, улучшение образования клириков, открытие приходских школ, выпуск назидательных трудов на местных языках, насаждение грамотности среди мирян. Важным первым шагом могло бы стать создание более густой сети приходов, но усилия по дроблению епархий, предпринятые в 1680-е годы, вызвали сопротивление епископов, не желавших лишаться своего могущества. Однако многие миряне в любом случае выступили бы против реформ, менявших то, что для них было важнейшей составляющей веры – обряд.

Оппозиция, включавшая часть «ревнителей благочестия», появилась немедленно. Аввакум, Иван Неронов и прочие постоянно протестовали, указывая, что греческие книги не являются древними оригиналами, но были исправлены под влиянием еретиков-католиков, что обрядовые изменения не имеют прецедентов и суть православия – в сохранении священного наследия нетронутым; решения собора 1551 года, по их мнению, представляли подлинную отечественную традицию. Они сразу же отвергли Псалтырь 1653 года, а впоследствии – другие исправленные книги, чем навлекли на себя гнев церковных иерархов. Неронов в 1656 году был отлучен от церкви и сослан в монастырь, откуда бежал и продолжил пламенно выступить против реформ. Представ перед церковным собором 1667 года по обвинению в ереси, Неронов покаялся, но многие другие не сделали этого. Стойким противником реформы оставался, к примеру, Аввакум: высланный в Сибирь (1653), он продолжил проповедовать там и в 1664 году был возвращен в Москву. На соборе 1667 года он вместе с группой единомышленников отказался от покаяния, был сослан в Пустозерск и сожжен там в 1682 году. Между тем Никон сложил с себя патриарший сан (1658) из-за конфликта с царем – он считал церковь стоящей выше государства. В защиту своего тезиса он приводил две аналогии: в первой из них церковь и государство сравнивались с солнцем и луной, во второй духовная и светская власть представали «двумя мечами», – обе использовались средневековыми папами в их борьбе против европейских монархов. Однако к доводам Никона не прислушались.