Губернатор, назначаемый Сенатом, правил вместе с вице-губернатором, занимавшимся преимущественно финансовыми вопросами, и губернским правлением, членов которого назначал сам: два советника, пять секретарей, прокурор и два его товарища. Вероятно, главным из учреждений, создаваемых в рамках реформы, стала казенная плата, которую возглавлял вице-губернатор, отчитывавшийся непосредственно перед генерал-прокурором. Штат ее состоял из пяти чиновников; палата наблюдала за поступлением государственных доходов и занималась другими финансовыми делами. Большое внимание было обращено также на судебные органы. На уровне губернии предусматривался Верхний земский суд с уголовным и гражданским департаментами, в каждом из которых заседали шесть членов, назначенных из числа дворян. Департаменты рассматривали апелляции на решения уездных судов и жалобы местного дворянства, связанные со службой. Там, где проживали государственные крестьяне или нерусские народности, создавались так называемые Верхние расправы с председателем из дворян и заседателями из числа крестьян или представителей местных народов. При каждом суде имелся прокурор со своим аппаратом, надзиравший за процедурой и обеспечением законности. Выше этих судов стояла Палата уголовного и гражданского суда, также заседавшая в губернском городе в составе шести членов дворянского происхождения и выполнявшая роль апелляционного органа для всех сословий. Еще выше находился Сенат с департаментами в Петербурге и Москве.

В результате реформы появились два новых института. Первым был Совестный суд с председателем, назначавшимся из числа дворян, и заседателями, представлявшими различные сословия. Он разбирал малозначительные гражданские и уголовные дела, не подпадавшие под существующие законы, особенно те, в которые были замешаны малолетние и невменяемые. Так в русское законодательство было введено нечто вроде понятия habeas corpus – разрешалось расследование жалоб на незаконное задержание и заключение. По сути, это был арбитраж, который имел целью примирение сторон и рассматривал сложные семейные и личные проблемы, а также дела, находившиеся вне сферы компетенции обычных судов, включая дела о колдовстве (последнее отныне считалось не религиозным преступлением, а суеверием либо мошенничеством). Не менее новаторским шагом стало образование в губерниях Приказов общественного призрения, составленных из представителей от разных сословий. Получая деньги от государства, они действовали в качестве ссудных организаций, финансируя масштабные проекты. Задачей было предоставить каждому городу и крупному селу общественно значимые услуги, включая создание начальных школ. В крупных городах, кроме того, предусматривались больницы, а в центрах губерний – богадельни, работные дома, сиротские приюты и тюрьмы.